国内嫖妓在线视频,亚洲无码视屏,国产aⅴ一区二区,久久vs视频欧美色图国产vS视频欧美vS色图 ,韩国AV在线免费观看,欧美涩涩网

當(dāng)前位置:首頁 > 成功案例 > 客戶文章 > 互作文章 > LncRNA FOXD3-AS1 Promotes the Malignant Progression of Nasopharyngeal Carcinoma Through Enhancing the Transcription of YBX1 by H3K27Ac Modification
客戶文章技術(shù)專題問題答疑
互作文章蛋白文章分子細(xì)胞文章
LncRNA FOXD3-AS1 Promotes the Malignant Progression of Nasopharyngeal Carcinoma Through Enhancing the Transcription of YBX1 by H3K27Ac Modification

中文標(biāo)題:LncRNA FOXD3-AS1通過募集H3K27Ac促進(jìn) YBX1轉(zhuǎn)錄和鼻咽癌發(fā)展

發(fā)表期刊:Frontiers in Oncology

影響因子:4.7

發(fā)表時間:2021年7月

合作單位:中南大學(xué)湘雅三醫(yī)院腫瘤科

運(yùn)用技術(shù):RNA pull down MS、RNA免疫沉淀(RIP)LC-MS/MS質(zhì)譜檢測由輝駿生物提供技術(shù)支持,點(diǎn)擊查看服務(wù)詳情

 

● 研究背景

長鏈非編碼RNA(lncRNA)可影響各種腫瘤的進(jìn)展,包括鼻咽癌(NPC)。已有報(bào)道lncRNA FOXD3-AS1影響多種癌癥的進(jìn)展,生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn)FOXD3-AS1在NPC組織中高度表達(dá),并與NPC的惡性進(jìn)展有關(guān),但FOXD3-AS1影響NPC惡性進(jìn)展的機(jī)制仍有待進(jìn)一步探索。


● 研究結(jié)果

1、LncRNA FOXD3-AS1在鼻咽癌組織和細(xì)胞系中過表達(dá)

首先,研究者通過GSE數(shù)據(jù)集查找發(fā)現(xiàn),F(xiàn)OXD3-AS1在NPC組織中的表達(dá)水平顯著高于正常鼻咽組織(圖1A、B)。其次,TCGA公共數(shù)據(jù)庫也顯示FOXD3-AS1在頭頸部鱗狀細(xì)胞癌和NPC組織中都有高表達(dá)(圖1C、D)。RT-qPCR檢測六種鼻咽癌細(xì)胞系(HNE1、HK1、HONE1、CNE1、CNE2和SUNE1,圖1E)和正常鼻咽上皮細(xì)胞系(NP69,圖1E),也發(fā)現(xiàn)FOXD3-AS1在NPC細(xì)胞系中表達(dá)顯著上調(diào)(圖1E)。LNCipedia數(shù)據(jù)庫分析(圖1F)和二級結(jié)構(gòu)預(yù)測(圖1G)證實(shí)FOXD3-AS1沒有編碼蛋白質(zhì)的能力。

 

1689317612160078.jpg

圖1

2、LncRNA FOXD3-AS1體外促進(jìn)鼻咽癌惡性進(jìn)展

為了闡明FOXD3-AS1在NPC細(xì)胞系中的作用,在SUNE1和HONE1細(xì)胞中轉(zhuǎn)染sh RNA質(zhì)粒(shF1和shF2)敲低FOXD3-AS1的表達(dá)(圖2A)。CCK-8測定和克隆形成實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明FOXD3-AS1敲低導(dǎo)致NPC細(xì)胞增殖減少(圖2B、C),Transwell結(jié)果顯示敲低FOXD3-AS1導(dǎo)致NPC細(xì)胞遷移能力(圖2D)和侵襲能力減弱(表2E)。

1689317658982544.jpg

圖2

3、LncRNA FOXD3-AS1特異性靶向YBX1并調(diào)控YBX1的表達(dá)

通過核質(zhì)分離和FISH實(shí)驗(yàn)確定了FOXD3-AS1同時存在于NPC細(xì)胞的細(xì)胞核和細(xì)胞質(zhì)中,但在細(xì)胞核里面的含量更高(圖3A、B)。為了找到FOXD3-AS1的靶蛋白,研究者進(jìn)行了RNA pull-down(圖3C)和質(zhì)譜(MS)分析鑒定(圖3D),鑒定到潛在結(jié)合蛋白YBX1,RNA pulldown WB技術(shù)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證了FOXD3-AS1可以與YBX1結(jié)合(圖E)。RNA免疫沉淀(RIP)qPCR實(shí)驗(yàn)操作再次確認(rèn)了YBX1是FOXD3-AS1的靶蛋白(圖F)。為了探討FOXD3-AS1和YBX1的表達(dá)關(guān)系,在體外NPC細(xì)胞系中敲低FOXD3-AS1的表達(dá)后,發(fā)現(xiàn)YBX1的轉(zhuǎn)錄和翻譯水平受到抑制(圖3G,H)。當(dāng)FOXD3-AS1過表達(dá)時,YBX1的轉(zhuǎn)錄和翻譯水平也跟著上調(diào)(圖3I,J)。

1689317702108452.jpg

圖3

4、LncRNA FOXD3-AS1通過募集H3K27ac調(diào)節(jié)YBX1的表達(dá)

為什么lncRNA FOXD3-AS1能調(diào)控YBX1的表達(dá)呢?生信分析發(fā)現(xiàn)YBX1的啟動子可以結(jié)合H3K27ac(圖4A)。為了驗(yàn)證這一點(diǎn),研究者進(jìn)行了H3K27ac的染色質(zhì)免疫沉淀(ChIP)分析,YBX1啟動子區(qū)qPCR產(chǎn)物的凝膠電泳結(jié)果顯示,F(xiàn)OXD3-AS1敲低顯著降低了YBX1啟動子區(qū)的H3K27ac富集(圖4B)。野生型和突變型YBX1的雙熒光素酶實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,敲低FOXD3-AS1抑制了H3K27ac在YBX1啟動子區(qū)的富集(圖4D)。使用組蛋白乙酰轉(zhuǎn)移酶的抑制劑C646阻斷H3K27的乙?;?,發(fā)現(xiàn)YBX1的表達(dá)降低,表明H3K27ac會影響YBX1的表達(dá)(圖4C)。這些實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明FOXD3-AS1可以通過募集H3K27ac來調(diào)節(jié)YBX1的表達(dá)。

1689317733114774.jpg

圖4

5、YBX1可逆轉(zhuǎn)lncRNA FOXD3-AS1敲低誘導(dǎo)的增殖、遷移和侵襲

為了研究FOXD3-AS1是否通過靶向YBX1促進(jìn)腫瘤進(jìn)展,在敲低FOXD3-AS的細(xì)胞中轉(zhuǎn)染YBX1過表達(dá)質(zhì)粒(圖5A),經(jīng)CCK8檢測(圖5B),克隆形成實(shí)驗(yàn)(圖5C)和Transwell實(shí)驗(yàn)(圖5D、E)發(fā)現(xiàn),YBX1可以逆轉(zhuǎn)FOXD3-AS1敲低對腫瘤的抑制作用。

1689317759926431.jpg

圖5

6、LncRNA FOXD3-AS1在體內(nèi)促進(jìn)NPC惡性進(jìn)展

為了證實(shí)lncRNA FOXD3-AS1在NPC惡性進(jìn)展中的作用,研究者將FOXD3-AS1敲低的NPC細(xì)胞和對照細(xì)胞注射到小鼠體內(nèi)構(gòu)建了腫瘤生長轉(zhuǎn)移模型,結(jié)果顯示FOXD3-AS1敲低組的移植瘤較?。▓D6A、B),重量較輕(圖6C)且肺轉(zhuǎn)移較少(圖6D-F)。原位雜交結(jié)果顯示FOXD3-AS1敲低組腫瘤組織中的FOXD3-AS1表達(dá)降低了(圖6G,左)。免疫組化結(jié)果顯示,F(xiàn)OXD3-AS1敲低組腫瘤組織中的YBX1表達(dá)也降低了(圖6G,右)。

1689317812356389.jpg

圖6


輝駿生物實(shí)驗(yàn)外包服務(wù)商,10年專注科研實(shí)驗(yàn),專業(yè)提供全方位蛋白質(zhì)組學(xué)、蛋白/核酸互作、代謝組學(xué)、分子/細(xì)胞生物學(xué)lncRNA專題實(shí)驗(yàn)等科研服務(wù)。輝駿自有蛋白質(zhì)檢測平臺,對RNA pull down產(chǎn)物等微量蛋白的質(zhì)譜鑒定有充足的把控能力,對后續(xù)的生物信息分析有獨(dú)到的見解。


目前,我們已為上千位客戶在Nature、Oncogene、Cell Research等高水平期刊成功發(fā)表大量高分文章(點(diǎn)擊查看客戶文獻(xiàn)),歡迎各位咨詢RNA pulldown MS檢測實(shí)驗(yàn),服務(wù)電話:4006991663!


RNA pull down技術(shù)實(shí)驗(yàn)—輝駿服務(wù)內(nèi)容


服務(wù)項(xiàng)目服務(wù)內(nèi)容結(jié)果交付實(shí)驗(yàn)周期客戶提價(jià)格

RNA pull down WB

(驗(yàn)證型)

制備RNA正義鏈和反義鏈探針探針電泳圖4-5周

實(shí)驗(yàn)樣本

目標(biāo)基因質(zhì)粒模板

待測蛋白抗體

實(shí)驗(yàn)信息表


點(diǎn)擊詢價(jià)
Western blot檢測樣本中的待測蛋白Western blot檢測圖

RNA pull down捕獲目標(biāo)RNA及其結(jié)合蛋白

RNA pull down實(shí)驗(yàn)報(bào)告

Western blot檢測

RNA pull down MS

(篩選型)

制備RNA正義鏈和反義鏈探針探針電泳圖6-7周

實(shí)驗(yàn)樣本

目標(biāo)基因質(zhì)粒模板

實(shí)驗(yàn)信息表



點(diǎn)擊詢價(jià)


RNA pull down捕獲目標(biāo)RNA及其結(jié)合蛋白

SDS-PAGE銀染檢測圖

RNA pull down實(shí)驗(yàn)報(bào)告

LC-MS/MS檢測及數(shù)據(jù)分析

質(zhì)譜檢索結(jié)果及報(bào)告

互作蛋白篩選表格

生信分析結(jié)果和報(bào)告



RNA pull down實(shí)驗(yàn)外包樣本要求

樣本類型
RNA pull down WB建議送樣量RNA pull down MS建議送樣量
動物細(xì)胞
3*10e7個細(xì)胞/組(約3個10cm皿)5*10e7個細(xì)胞/組(約5個10cm皿)
動物組織1g/組2g/組
植物葉片2g/組4g/組
植物根或果實(shí)4g/組8g/組
菌體50ul菌體沉淀/組100ul菌體沉淀/組

▲注意:以上均為每組樣本的送樣量,如果實(shí)驗(yàn)和對照組用的樣本一致,此樣本量*2。詳細(xì)送樣指南可聯(lián)系輝駿生物索取。

保存及運(yùn)輸:-80℃保存,干冰取樣/運(yùn)輸,至少在送樣前2天通知我司。



輝駿生物客戶高質(zhì)量RNA PullDown實(shí)驗(yàn)文章


1. Bao. X.C. et al: The p53-induced lincRNA-p21 derails somatic cell reprogramming by sustaining H3K9me3 and CpG methylation at pluripotency gene promoters. Cell Research, 2015. 中科院1區(qū),IF=46.297.

【研究內(nèi)容】:作者通過RNA pull-down、RIP-qPCRCoIP等技術(shù),證實(shí)了lincRNA-p21與HNRNPK結(jié)合,并和甲基化酶SETDB1、DNMT1形成復(fù)合物。該復(fù)合物甲基化了多能性基因的啟動子序列及相應(yīng)組蛋白,并改變了它們的表達(dá)量,從而進(jìn)一步影響體細(xì)胞重編程過程。

使用相關(guān)技術(shù):RNA pull-down



2. Bao X.C. et al: Capturing the interactome of newly transcribed RNA. Nature Methods, 2018. 中科院1區(qū),IF=47.99.
【研究內(nèi)容】:輝駿生物為作者單位之一,和客戶共同開發(fā)了一種全新的RNA pull down,并用質(zhì)譜鑒定新生RNA結(jié)合蛋白的方法。該方法主要是用EU標(biāo)記新生RNA,再用點(diǎn)擊反應(yīng)-生物素-鏈霉親和素系統(tǒng)做RNA-pull down,然后質(zhì)譜鑒定分離的新生RNA互作蛋白。用該rna pulldown方法,首次鑒定到重要周期蛋白CCK1為RNA結(jié)合蛋白。RIP-qPCR、CLIP-Seq等實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步證實(shí)了CCK1為RBP蛋白,并發(fā)揮著重要的細(xì)胞。
使用相關(guān)技術(shù):RNA pull down WB、RNA pull-down 技術(shù)服務(wù)


3. He S.W. et al: AR-induced long non-coding RNA LINC01503 facilitates proliferation and metastasis via the SFPQ-FOSL1 axis in nasopharyngeal carcinoma. Oncogene, 2020. 中科院1區(qū),IF=8.756.
【研究內(nèi)容】:lncRNA LINC01503在鼻咽癌中高表達(dá),并且促進(jìn)了腫瘤的不良預(yù)后。作者在此探討了LINC01503的作用機(jī)理,先用RNA pull down和質(zhì)譜鑒定,發(fā)現(xiàn)SFPQ蛋白可能和LINC01503結(jié)合。RIP-qPCR實(shí)驗(yàn)確證了鼻炎癌中LINC01503募集了SFPQ基因?;赟FPQ-FOSL1軸在癌癥研究中的重要地位,作者后續(xù)的工作思路之一也是關(guān)注該信號軸,并設(shè)計(jì)了CHIP-qPCR等實(shí)驗(yàn)做出證明。RNA pull down配合質(zhì)譜鑒定,為此文研究提供了關(guān)鍵性的研究源頭。
使用相關(guān)技術(shù)RNA pulldown實(shí)驗(yàn)、rna-pull down 打質(zhì)譜



電子郵箱

service@fitgene.com

聯(lián)系電話

020-32053431 / 400-699-1663

聯(lián)系地址

廣州市黃埔區(qū)科學(xué)城廣州國際企業(yè)孵化器D506

微信咨詢

微信掃碼一對一咨詢

服務(wù)熱線
4006991663
在線客服 返回頂部