lncRNA和circRNA通常被認(rèn)為是非編碼RNA，但是越來越多的研究表明，有些lncRNA和circRNA也能編碼多肽或蛋白，且部分多肽還具有重要的生理功能。為了系統(tǒng)的研究具有多肽或蛋白編碼功能的lncRNA或circRNA，我司制定了能快速準(zhǔn)確篩選它們及探究其產(chǎn)物功能的個(gè)性化解決方案。
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lncRNA或circRNA編碼多肽-技術(shù)原理
編碼蛋白的RNA有開放閱讀框（ORF），翻譯時(shí)會(huì)與核糖體結(jié)合，產(chǎn)生對應(yīng)的多肽或蛋白產(chǎn)物，通過分離核糖體-RNA復(fù)合物，對RNA進(jìn)行測序，lncRNA/circRNA分析，ORF預(yù)測，可以預(yù)測其編碼的多肽或蛋白信息；之后分離樣本中的蛋ncRNA或circRNA編碼多肽白質(zhì)進(jìn)行質(zhì)譜測定，獲得實(shí)際的多肽或蛋白信息；將以上兩種信息進(jìn)行匹配，即可篩選到具有多肽或蛋白編碼功能的lncRNA/circRNA信息；之后可對這些RNA進(jìn)行表達(dá)驗(yàn)證、編碼驗(yàn)證和功能研究。
lncRNA或circRNA編碼多肽技術(shù)服務(wù)流程
確定差異表達(dá)的lncRNA/circRNA
? RNA-seq篩選
? qPCR，northern blot或原位雜交驗(yàn)證
? 分析潛在ORF及ORF相關(guān)信息
? 其他相關(guān)生物信息分析
? 以目標(biāo)RNA建庫，樣本做LC-MS和PRM，找到lncRNA/circRNA編碼多肽/蛋白的質(zhì)譜證據(jù)
? 體外檢測：構(gòu)建帶標(biāo)簽的ORF/ORFmut載體，轉(zhuǎn)染細(xì)胞后用標(biāo)簽抗體檢測
? 體內(nèi)檢測：野生型細(xì)胞/組織樣本，以小肽抗體檢測
? 小肽表達(dá)水平檢測，分析其與表型的關(guān)系
? 體外檢測：ORF/ORFmut載體轉(zhuǎn)入原本低/不表達(dá)lncRNA的細(xì)胞，檢測功能/表型變化；也可做沉默實(shí)驗(yàn)
? 體內(nèi)檢測：小鼠體內(nèi)過表達(dá)ORF/ORFmut，檢測功能表型變化；也可做敲除實(shí)驗(yàn)
lncRNA或circRNA編碼多肽輝實(shí)驗(yàn)*輝駿生物技術(shù)優(yōu)勢
★差異RNA或有編碼潛能的RNA數(shù)據(jù)庫的建立可以幫助我們更快的確定分析目標(biāo)；
★質(zhì)譜分析方法可以批量獲得很多具有編碼潛能的lncRNA和circRNA信息，為后續(xù)研究鑒定堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)，節(jié)省科研時(shí)間和精力。
lncRNA或circRNA編碼多肽研究-文章
1. Novel Role of FBXW7 Circular RNA in Repressing Glioma Tumorigenesis. JNCI J Natl Cancer Inst. 2018.【IF＞10，合作伙伴文章】
2. A micropeptide encoded by a putative long noncoding RNA regulates muscle performance. Cell. 2015.【IF＞30】
3. A peptide encoded by a transcript annotated as long noncoding RNA enhances SERCA activity in muscle. Science. 2016.【IF＞30】
4. Circ-ZNF609 Is a Circular RNA that Can Be Translated and Functions in Myogenesis. Mol Cell. 2017.【IF＞15】
5. Translation of CircRNAs. Mol Cell. 2017.【IF＞14】
6. Extensive translation of circular RNAs driven by N6-methyladenosine. Cell Res. 2017.【IF＞15】
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