RNA pull down是體外條件下尋找目標(biāo)RNA的結(jié)合蛋白的方法。先將體外轉(zhuǎn)錄的RNA結(jié)合到Beads上,再將RNA-Beads和細(xì)胞裂解液孵育,這樣與目標(biāo)RNA結(jié)合的蛋白便會(huì)一起吸附在Beads上。洗滌掉不結(jié)合的蛋白后,用洗脫液將RNA-protein復(fù)合物從Beads洗脫下來(lái),之后可以采用Western Blot技術(shù)檢測(cè)特定的結(jié)合蛋白,還可以采用質(zhì)譜方法鑒定與目標(biāo)RNA結(jié)合的未知蛋白。
輝駿生物10年科研服務(wù)經(jīng)驗(yàn),專(zhuān)業(yè)提供分子互作實(shí)驗(yàn)服務(wù),包括蛋白與蛋白、蛋白與DNA、蛋白與RNA、RNA與RNA的相互作用技術(shù),經(jīng)驗(yàn)豐富,實(shí)驗(yàn)結(jié)果穩(wěn)定、可靠。
我公司自有分子、細(xì)胞和質(zhì)譜實(shí)驗(yàn)平臺(tái),能執(zhí)行最優(yōu)的實(shí)驗(yàn)路線,對(duì)微量互作蛋白的質(zhì)譜鑒定有充足把控力,對(duì)后續(xù)功能分析有獨(dú)到見(jiàn)解。
我們不僅會(huì)提供專(zhuān)業(yè)的售前方案建議、而且售后技術(shù)支持將一直保持到文章發(fā)表,確保您安心進(jìn)行下游實(shí)驗(yàn)及投稿。
目前,客戶已在Nature子刊、Oncogene、Cell Research等高水平期刊成功發(fā)表大量高分文章(點(diǎn)擊查看客戶文獻(xiàn))。
RNA結(jié)合蛋白(RNA binding protein,RBP)是一類(lèi)功能強(qiáng)大而廣泛的調(diào)節(jié)因子,約占細(xì)胞編碼的所有蛋白的5%~10%。目前除了少數(shù)RNA以核酶形式單獨(dú)發(fā)揮功能,大部分RNA通過(guò)與蛋白結(jié)合形成RNA-蛋白復(fù)合物來(lái)發(fā)揮作用。
一方面,RBP參與RNA合成、可變剪接、修飾、轉(zhuǎn)運(yùn)、翻譯及胞內(nèi)定位等多個(gè)轉(zhuǎn)錄后調(diào)控過(guò)程,調(diào)控mRNA穩(wěn)定性、lncRNA活性、miRNA沉默復(fù)合體形成等生物學(xué)過(guò)程;另一方面,RNA也會(huì)調(diào)節(jié)這些蛋白質(zhì)的活性、定位或與其他蛋白質(zhì)相互作用,從而影響RBP介導(dǎo)的各種細(xì)胞事件。RNA與蛋白質(zhì)的相互作用對(duì)于維持細(xì)胞穩(wěn)態(tài)是非常重要的,干擾這種相互作用將會(huì)導(dǎo)致細(xì)胞功能失調(diào)和相關(guān)疾病的發(fā)生。
目前研究RNA-蛋白質(zhì)相互作用的方法分為兩大類(lèi):一是以感興趣的RNA為中心,尋找與該RNA結(jié)合的蛋白質(zhì);二是以感興趣的蛋白質(zhì)為中心,尋找與該蛋白質(zhì)結(jié)合的RNA。RNA pull down屬于前者,通過(guò)體外轉(zhuǎn)錄的方式將感興趣的RNA帶上標(biāo)簽,通過(guò)該標(biāo)簽使RNA結(jié)合到樹(shù)脂支持物上,再加入樣本蛋白質(zhì)與RNA結(jié)合,洗滌、洗脫得到與目標(biāo)RNA結(jié)合的蛋白質(zhì)。
服務(wù)項(xiàng)目 | 服務(wù)內(nèi)容 | 結(jié)果交付 | 實(shí)驗(yàn)周期 | 客戶提供 | 價(jià)格 |
RNA pull down WB (驗(yàn)證型) | 制備RNA正義鏈和反義鏈探針 | 探針電泳圖 | 4-5周 | 實(shí)驗(yàn)樣本 目標(biāo)基因質(zhì)粒模板 待測(cè)蛋白抗體 實(shí)驗(yàn)信息表 | |
Western blot檢測(cè)樣本中的待測(cè)蛋白 | Western blot檢測(cè)圖 | ||||
RNA pull down捕獲目標(biāo)RNA及其結(jié)合蛋白 | RNA pull down實(shí)驗(yàn)報(bào)告 Western blot檢測(cè)圖 | ||||
RNA pull down MS (篩選型) | 制備RNA正義鏈和反義鏈探針 | 探針電泳圖 | 6-7周 | 實(shí)驗(yàn)樣本 目標(biāo)基因質(zhì)粒模板 實(shí)驗(yàn)信息表 | |
RNA pull down捕獲目標(biāo)RNA及其結(jié)合蛋白 | SDS-PAGE銀染檢測(cè)圖 RNA pull down實(shí)驗(yàn)報(bào)告 | ||||
LC-MS/MS檢測(cè)及數(shù)據(jù)分析 | 質(zhì)譜檢索結(jié)果及報(bào)告 互作蛋白篩選表格 生信分析結(jié)果和報(bào)告 |
樣本類(lèi)型 | RNA pull down WB建議送樣量 | RNA pull down MS建議送樣量 |
動(dòng)物細(xì)胞 | 3*10e7個(gè)細(xì)胞/組(約3個(gè)10cm皿) | 5*10e7個(gè)細(xì)胞/組(約5個(gè)10cm皿) |
動(dòng)物組織 | 1g/組 | 2g/組 |
植物葉片 | 2g/組 | 4g/組 |
植物根或果實(shí) | 4g/組 | 8g/組 |
菌體 | 50ul菌體沉淀/組 | 100ul菌體沉淀/組 |
▲注意:以上均為每組樣本的送樣量,如果實(shí)驗(yàn)和對(duì)照組用的樣本一致,此樣本量*2。詳細(xì)送樣指南可聯(lián)系輝駿生物索取。
保存及運(yùn)輸:-80℃保存,干冰取樣/運(yùn)輸,至少在送樣前2天通知我司。
左:RNA pull down WB檢測(cè)圖(陽(yáng)性); 右:RNA pull down MS產(chǎn)物銀染圖
RNA pull down MS質(zhì)譜檢索表格(部分展示)
正義鏈組獨(dú)有蛋白(潛在結(jié)合蛋白)的生物信息學(xué)分析結(jié)果(部分展示)
The lncRNA LAMP5-AS1 drives leukemia cell stemness by directly modulating DOT1L methyltransferase activity in MLL leukemia.
Journal of Hematology & Oncology. 2020. (中科院1區(qū),IF=23.168)
大量的臨床樣本檢測(cè)發(fā)現(xiàn),一個(gè)長(zhǎng)鏈非編碼RNA(LncRNA)“LAMP5-AS1”在混合系白血病(MLL)中高表達(dá),因此研究者們繼續(xù)探索了它在MLL中的的作用機(jī)制。通過(guò)RNA pull down和RIP-qPCR技術(shù),他們發(fā)現(xiàn)了LAMP5-AS1的潛在結(jié)合蛋白—DOT1L(一種H3K79甲基轉(zhuǎn)移酶),并通過(guò)ChIP-seq和ChIP-qPCR實(shí)驗(yàn)證明LAMP5-AS1能夠影響MLL融合蛋白核心靶基因的H3K79me2/3水平。本研究確定了lncRNA LAMP5-AS1在MLL白血病細(xì)胞的自我更新和分化阻滯中起重要的作用,對(duì)維持DOT1L酶的高活性有重要意義,可能成為治療MLL白血病的一個(gè)有價(jià)值的靶點(diǎn)。
1. Bao. X.C. et al: The p53-induced lincRNA-p21 derails somatic cell reprogramming by sustaining H3K9me3 and CpG methylation at pluripotency gene promoters. Cell Research, 2015. 中科院1區(qū),IF=46.297. 【研究?jī)?nèi)容】:作者通過(guò)RNA pull-down、RIP-qPCR、CoIP等技術(shù),證實(shí)了lincRNA-p21與HNRNPK結(jié)合,并和甲基化酶SETDB1、DNMT1形成復(fù)合物。該復(fù)合物甲基化了多能性基因的啟動(dòng)子序列及相應(yīng)組蛋白,并改變了它們的表達(dá)量,從而進(jìn)一步影響體細(xì)胞重編程過(guò)程。 使用相關(guān)技術(shù):RNA pull-down |
2. Bao X.C. et al: Capturing the interactome of newly transcribed RNA. Nature Methods, 2018. 中科院1區(qū),IF=47.99. |
3. He S.W. et al: AR-induced long non-coding RNA LINC01503 facilitates proliferation and metastasis via the SFPQ-FOSL1 axis in nasopharyngeal carcinoma. Oncogene, 2020. 中科院1區(qū),IF=8.756. |
1
十年服務(wù)經(jīng)驗(yàn),客戶成果發(fā)表在Nature Methods,Oncogene,Cell Research等高水平期刊上。
2
對(duì)圍繞RNA結(jié)合蛋白開(kāi)展的整體課題提供全方位指導(dǎo),包括上下游實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和結(jié)合蛋白的多方法驗(yàn)證等。
3
自有蛋白質(zhì)組學(xué)平臺(tái),對(duì)RNA pull down產(chǎn)物這類(lèi)微量蛋白的質(zhì)譜鑒定有十足的把控能力,對(duì)后續(xù)的生物信息分析有獨(dú)到的見(jiàn)解。
4
售后技術(shù)支持將一直保持到客戶發(fā)表文章,確??蛻舭残倪M(jìn)行下游實(shí)驗(yàn)及投稿。
輝駿實(shí)力
1. RNA pull down WB,用于檢測(cè)目標(biāo)RNA與某樣本中的待測(cè)蛋白是否存在相互作用;
2. RNA pull down MS,用于篩選目標(biāo)RNA與某樣本中的哪些蛋白具有相互作用。
RNA Pull down檢測(cè)服務(wù) | |||||
服務(wù)項(xiàng)目 | 服務(wù)內(nèi)容 | 結(jié)果交付 | 實(shí)驗(yàn)周期 | 客戶提供 | 價(jià)格 |
RNA pull down WB | 制備RNA正義鏈和反義鏈探針 | 探針電泳圖 | 5-6周 | 1、實(shí)驗(yàn)樣本 2、含有目標(biāo)基因序列的質(zhì)粒模板及測(cè)序文件 3、待測(cè)蛋白抗體 4、實(shí)驗(yàn)信息表(樣本信息、抗體信息、目標(biāo)RNA和待測(cè)蛋白序列) | |
Western blot檢測(cè)待測(cè)樣本中的待測(cè)蛋白 | Western blot檢測(cè)圖 | ||||
RNA pull down捕獲目標(biāo)RNA及其結(jié)合蛋白 (2組:正義鏈孵育組、反義鏈孵育組) | RNA pull down實(shí)驗(yàn)報(bào)告 | ||||
Western blot檢測(cè)RNA Pull down產(chǎn)物中的待測(cè)蛋白 | Western blot檢測(cè)圖 | ||||
RNA pull down MS | 制備RNA正義鏈和反義鏈探針 | 探針電泳圖 | 8-9周 | 1、實(shí)驗(yàn)樣本 2、含有目標(biāo)基因序列的質(zhì)粒模板及測(cè)序文件 3、實(shí)驗(yàn)信息表(樣本信息、目標(biāo)RNA序列) | |
RNA pull down捕獲目標(biāo)RNA及其結(jié)合蛋白 (2組:正義鏈孵育組、反義鏈孵育組) | pull down實(shí)驗(yàn)報(bào)告 | ||||
SDS-PAGE評(píng)估RNA pull down產(chǎn)物中的蛋白含量和數(shù)量 | SDS-PAGE銀染檢測(cè)圖 | ||||
LC-MS/MS定性檢測(cè)pull down產(chǎn)物的蛋白、篩選實(shí)驗(yàn)組獨(dú)有蛋白(潛在互作蛋白) | 質(zhì)譜檢索表格、互作蛋白篩選表格、檢測(cè)報(bào)告 | ||||
針對(duì)互作蛋白做生物信息學(xué)分析(GO、KEGG pathway、String) | 生物信息學(xué)分析結(jié)果和報(bào)告 | 1周 |
1
十年服務(wù)經(jīng)驗(yàn),客戶成果發(fā)表在Nature Methods,Oncogene,Cell Research等高水平期刊上。
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對(duì)圍繞RNA結(jié)合蛋白開(kāi)展的整體課題提供全方位指導(dǎo),包括上下游實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和結(jié)合蛋白的多方法驗(yàn)證等。
3
自有蛋白質(zhì)組學(xué)平臺(tái),對(duì)RNA pull down產(chǎn)物這類(lèi)微量蛋白的質(zhì)譜鑒定有十足的把控能力,對(duì)后續(xù)的生物信息分析有獨(dú)到的見(jiàn)解。
4
售后技術(shù)支持將一直保持到客戶發(fā)表文章,確??蛻舭残倪M(jìn)行下游實(shí)驗(yàn)及投稿。
樣本類(lèi)型 | RNA pull down WB建議送樣量 | RNA pull down MS建議送樣量 |
動(dòng)物細(xì)胞 | 3*10e7個(gè)細(xì)胞/組(約3個(gè)10cm皿) | 5*10e7個(gè)細(xì)胞/組(約5個(gè)10cm皿) |
動(dòng)物組織 | 1g/組 | 2g/組 |
植物葉片 | 2g/組 | 4g/組 |
植物根或果實(shí) | 4g/組 | 8g/組 |
菌體 | 50ul菌體沉淀/組 | 100ul菌體沉淀/組 |
▲注意:這里列出的均為每組樣本的送樣量,如果實(shí)驗(yàn)和對(duì)照組用的樣本一致,此樣本量*2。詳細(xì)送樣指南可聯(lián)系輝駿生物客服或銷(xiāo)售索取。
(1)樣本用PBS清洗干凈后,離心去掉液體,先放入液氮中速凍,再轉(zhuǎn)移至-80℃冰箱中保存;
(2)樣本一定要做好標(biāo)記,應(yīng)用油性防凍記號(hào)筆或標(biāo)簽紙?jiān)诠苌献⒚鳂颖久Q(chēng)或編號(hào);
(3)樣本較多或需要分批做,要將樣本分裝;
(4)干冰取樣/運(yùn)輸;需要至少在送樣前一天通知我方。
RNA pulldown WB:Western blot檢測(cè)圖(陽(yáng)性)
RNA pull-down MS:SDS-PAGE銀染檢測(cè)圖
RNA pull down-MS:質(zhì)譜檢索表格(部分展示)
【研究?jī)?nèi)容】:作者通過(guò)RNA pull-down、RIP-qPCR、CoIP等技術(shù),證實(shí)了lincRNA-p21與HNRNPK結(jié)合,并和甲基化酶SETDB1、DNMT1形成復(fù)合物。該復(fù)合物甲基化了多能性基因的啟動(dòng)子序列及相應(yīng)組蛋白,并改變了它們的表達(dá)量,從而進(jìn)一步影響體細(xì)胞重編程過(guò)程。 使用相關(guān)技術(shù):rna pull-down、RNA-蛋白相互作用 |
2. Bao X.C. et al: Capturing the interactome of newly transcribed RNA. Nature Methods,15(3): 213–220. 2018,IF=28.467. |
3. Wang W.T. et al: The lncRNA LAMP5-AS1 drives leukemia cell stemness by directly modulating DOT1L methyltransferase activity in MLL leukemia. Journal of Hematology & Oncology.2020,IF=11.059. |
4. He S.W. et al: AR-induced long non-coding RNA LINC01503 facilitates proliferation and metastasis via the SFPQ-FOSL1 axis in nasopharyngeal carcinoma. Oncogene. 2020,IF=7.971. |
4899+客戶已添加微信獲取實(shí)驗(yàn)優(yōu)惠!
名稱(chēng) | 貨號(hào) | 規(guī)格 | 貨期 | 價(jià)格 |
F2 RNA pull down試劑盒 | FI8701(動(dòng)物) | 12次/24次/40次 | 現(xiàn)貨 | |
FI8711(植物) | 12次/24次/40次 | 現(xiàn)貨 | ||
FI8721(微生物) | 12次/24次/40次 | 現(xiàn)貨 | ||
生物素RNA pull down試劑盒 | FI8702(動(dòng)物) | 12次/24次/40次 | 現(xiàn)貨 | |
FI8712(植物) | 12次/24次/40次 | 現(xiàn)貨 | ||
FI8722(微生物) | 12次/24次/40次 | 現(xiàn)貨 |
輝駿生物自主研發(fā)的 F2-RNA pull-down 試劑盒(專(zhuān)利號(hào):ZL202111160837.9),利用一段只有16nt的RNA標(biāo)簽“F2”與目標(biāo)RNA連接,通過(guò)固定在磁珠上的特異性配體與F2標(biāo)簽的強(qiáng)親和力,高效調(diào)取目標(biāo)RNA,同時(shí)捕獲與之結(jié)合的蛋白;之后可以采用Western Blot技術(shù)檢測(cè)特定蛋白,也可以采用質(zhì)譜(LC-MS/MS)技術(shù)鑒定未知蛋白。
輝駿生物FII-RNA pull down試劑盒和方法及其應(yīng)用專(zhuān)利證書(shū)
RNA結(jié)合蛋白(RBPs)是一類(lèi)功能強(qiáng)大而廣泛的調(diào)節(jié)因子,約占細(xì)胞編碼的所有蛋白的5%-10%。除了少數(shù)RNA以核酶形式單獨(dú)發(fā)揮功能,大部分RNA通過(guò)與蛋白結(jié)合形成RNA-蛋白復(fù)合物來(lái)發(fā)揮作用。一方面,RBP參與RNA調(diào)控,另一方面,RNA也會(huì)調(diào)控RBPs。以下列舉了可應(yīng)用F2-RNA pull down試劑盒幾個(gè)研究方向:
1. RNA活性、轉(zhuǎn)運(yùn)、定位調(diào)控;
2. RNA穩(wěn)定性、翻譯和降解;
3. RNA合成、可變剪切;
4. RNA修飾;
5. RBPs的活性、定位或與其他蛋白質(zhì)相互作用。
試劑名稱(chēng) | 體積(12 Tests) | 體積(24 Tests) | 保存條件 |
磁珠 | 500 μL | 1 mL | 4 ℃ |
裂解緩沖液 | 7 mL | 14 mL | 4 ℃ |
NT2緩沖液 | 32 mL | 64 mL | 4 ℃ |
RNA結(jié)構(gòu)緩沖液 | 650 μL | 1.3 mL | 4 ℃ |
漂洗液 | 32 mL | 64 mL | 4 ℃ |
洗脫緩沖液 | 650 μL | 1.3 mL | -20 ℃ |
蛋白酶抑制劑 | 230 μL | 460 μL | -20 ℃ |
RNase抑制劑 | 65 μL | 130μL | -20 ℃ |
F2配體 | 250 μL | 500 μL | -20 ℃ |
1、F2標(biāo)簽是一段RNA序列,可以連接和標(biāo)記各種類(lèi)型的RNA;
2、F2標(biāo)簽很短,只有16nt,幾乎不影響目標(biāo)RNA的結(jié)構(gòu)或功能;
3、可以用于體內(nèi)或體外標(biāo)記目標(biāo)RNA;
4、F2標(biāo)簽與其特異性配體具有很強(qiáng)親和力,能夠高效調(diào)取F2-RNA及其結(jié)合蛋白。
RNA pull-down是檢測(cè)RNA及其結(jié)合蛋白(RNA binding protein,RBP)之間相互作用的主要實(shí)驗(yàn)手段之一。生物素-RNA pull down試劑盒利用體外轉(zhuǎn)錄的生物素標(biāo)記RNA來(lái)模擬天然RNA分子,作為探針,與樣本裂解液孵育,探針與裂解液中的蛋白形成RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物;通過(guò)鏈霉親和素磁珠與生物素之間的強(qiáng)親和力,特異性捕獲生物素標(biāo)記的RNA,從而實(shí)現(xiàn)RNA結(jié)合蛋白(RBPs)的捕獲富集;之后可以采用Western Blot技術(shù)檢測(cè)特定蛋白,也可以采用質(zhì)譜(LC-MS/MS)技術(shù)鑒定未知蛋白。
試劑名稱(chēng) | 體積(12 Tests) | 體積(24 Tests) | 保存條件 |
鏈霉親和素磁珠 | 500 μL | 1 mL | 4 ℃ |
裂解緩沖液 | 7 mL | 14 mL | 4 ℃ |
NT2緩沖液 | 16 mL | 32 mL | 4 ℃ |
RNA結(jié)構(gòu)緩沖液 | 650 μL | 1.3 mL | 4 ℃ |
漂洗液 | 32 mL | 64 mL | 4 ℃ |
洗脫緩沖液 | 650 μL | 1.3 mL | -20 ℃ |
蛋白酶抑制劑 | 230 μL | 460 μL | -20 ℃ |
RNase抑制劑 | 65 μL | 130μL | -20 ℃ |
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