lncRNA與蛋白互作實驗概述

lncRNA (Long non-coding RNA)即長鏈非編碼RNA，通常長度在200-100000 nt，具有5’帽子和3’polyA尾巴結(jié)構(gòu)。

近年來，越來越多的研究聚焦lncRNAs。lncRNA與蛋白質(zhì)的結(jié)合是其重要的調(diào)控方式之一，通過與蛋白質(zhì)的結(jié)合，lncRNA參與多種細胞過程。例如：

調(diào)控該結(jié)合蛋白的活性

改變該結(jié)合蛋白的細胞定位

與其他RNA/蛋白競爭結(jié)合某蛋白，來調(diào)控其他RNA或蛋白的活性

結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子，調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄活性

招募染色體重構(gòu)和修飾復合體到特定位點，改變DNA/RNA的修飾狀態(tài)、染色體結(jié)構(gòu)等

lncRNA與蛋白互作服務信息

lncRNA-蛋白互作研究按照實驗內(nèi)容可分為兩大類，一是以感興趣的lncRNA為中心，尋找或驗證與該lncRNA結(jié)合的蛋白質(zhì)；二是以感興趣的蛋白質(zhì)為中心，尋找或驗證與該蛋白質(zhì)結(jié)合的lncRNA。

lncRNA與蛋白互作技術(shù)服務
技術(shù)類型	技術(shù)目標	技術(shù)原理	詳情	價格
外源性RNA pull-down	體外條件下尋找或驗證與目標lncRNA結(jié)合的蛋白質(zhì)	體外轉(zhuǎn)錄帶有生物素標記的lncRNA，并與樣本裂解液孵育，利用鏈霉親和素磁珠捕獲體外條件下結(jié)合的靶RNA-蛋白質(zhì)復合物，采用Western Blot或質(zhì)譜技術(shù)確定復合物中的蛋白質(zhì)	點擊查看	點擊詢價
內(nèi)源性RNA pull-down	體內(nèi)條件下尋找或驗證與目標lncRNA結(jié)合的蛋白質(zhì)	將自主研發(fā)的特異性RNA標簽與目標lncRNA構(gòu)建融合表達載體，轉(zhuǎn)染細胞使其融合表達，通過與特異性RNA標簽結(jié)合的親和介質(zhì)，將RNA標簽-lncRNA與蛋白的復合體純化出來，采用Western Blot或質(zhì)譜技術(shù)確定復合物中的蛋白質(zhì)	點擊查看
RIP	體內(nèi)條件下尋找或驗證與目標蛋白質(zhì)結(jié)合的lncRNA	用誘餌蛋白抗體捕獲體內(nèi)條件下的誘餌蛋白與RNA復合物，采用qPCR或高通量測序技術(shù)確定與誘餌蛋白結(jié)合的lncRNA	點擊查看

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lncRNA與蛋白互作實驗服務優(yōu)勢*輝駿生物

十年服務經(jīng)驗，客戶成果發(fā)表在Nature Methods，Oncogene，Cell Research等高水平期刊上。

對圍繞RNA結(jié)合蛋白開展的整體課題提供全方位指導，包括上下游實驗設計和結(jié)合蛋白的多方法驗證等。

自有蛋白質(zhì)組學平臺，對RNA pull down產(chǎn)物這類微量蛋白的質(zhì)譜鑒定有十足的把控能力，對后續(xù)的生物信息分析有獨到的見解。

售后技術(shù)支持將一直保持到客戶發(fā)表文章，確?？蛻舭残倪M行下游實驗及投稿。

lncRNA與蛋白互作實驗研究案例—客戶文章解析

RNA pull down研究案例.png

lncRNA LAMP5-AS1通過調(diào)控DOT1L甲基轉(zhuǎn)移酶活性促進MLL白血病發(fā)展

研究背景

研究者們通過大量臨床樣本的檢測發(fā)現(xiàn)，一個長鏈非編碼RNA(LncRNA)“LAMP5-AS1”在混合系白血病(MLL)中高表達，因此進一步探索了LAMP5-AS1在MLL白血病發(fā)生發(fā)展中的作用。

研究路線

細胞和小鼠實驗確定高表達的LAMP5-AS1促進MLL白血病進展

RNA pull-down結(jié)合質(zhì)譜鑒定技術(shù)首次發(fā)現(xiàn)了LAMP5-AS1的潛在結(jié)合蛋白—DOT1L（一種H3K79甲基轉(zhuǎn)移酶）

RIP qPCR實驗確定了LAMP5-AS1與DOT1L結(jié)合

截短型 RNA pull down實驗進一步明確了與LAMP5-AS1結(jié)合的DOT1L結(jié)構(gòu)域

體外酶活實驗表明LAMP5-AS1與DOT1L的結(jié)合促進了DOT1L的甲基轉(zhuǎn)移酶活性

RNA干擾結(jié)合ChIP實驗表明LAMP5-AS1影響MLL融合蛋白核心靶基因的H3K79me2/3水平

臨床分析LAMP5-AS可作為MLL白血病不良預后的預測因子

研究結(jié)論

lncRNA LAMP5-AS1在MLL白血病細胞的自我更新過程和分化阻滯中起著重要的作用。LAMP5-AS1對維持DOT1L酶在MLL白血病中的高活性具有重要意義，可能成為治療MLL白血病的一個有價值的靶點。

客戶文獻

Wang W.T. et al: The lncRNA LAMP5-AS1 drives leukemia cell stemness by directly modulating DOT1L methyltransferase activity in MLL leukemia. Journal of Hematology & Oncology. 2020. (IF=17.38).

lncRNA與蛋白互作技術(shù)服務—客戶文章

1. Bao. X.C. et al: The p53-induced lincRNA-p21 derails somatic cell reprogramming by sustaining H3K9me3 and CpG methylation at pluripotency gene promoters.Cell Research.2015, IF=13.9.

【研究內(nèi)容】：作者通過RNA pull-down、RIP-qPCR、CoIP等技術(shù)，證實了lincRNA-p21與HNRNPK結(jié)合，并和甲基化酶SETDB1、DNMT1形成復合物。該復合物甲基化了多能性基因的啟動子序列及相應組蛋白，并改變了它們的表達量，從而進一步影響體細胞重編程過程。

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2. Bao X.C. et al: Capturing the interactome of newly transcribed RNA. Nature Methods,15(3): 213–220. 2018，IF=28.467.
【研究內(nèi)容】：輝駿生物為作者單位之一，和客戶共同開發(fā)了一種全新的RNA pull down，并用質(zhì)譜鑒定新生RNA結(jié)合蛋白的方法。該方法主要是用EU標記新生RNA，再用點擊反應-生物素-鏈霉親和素系統(tǒng)做RNA-pull down，然后質(zhì)譜鑒定分離的新生RNA互作蛋白。用該rna pulldown方法，首次鑒定到重要周期蛋白CCK1為RNA結(jié)合蛋白。RIP-qPCR、CLIP-Seq等實驗進一步證實了CCK1為RBP蛋白，并發(fā)揮著重要的細胞。
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3. Wang W.T. et al: The lncRNA LAMP5-AS1 drives leukemia cell stemness by directly modulating DOT1L methyltransferase activity in MLL leukemia. Journal of Hematology & Oncology.2020，IF=11.059.
【研究內(nèi)容】：研究顯示高表達的LncRNA LAMP5-AS1能降低MLL白血病患者5年生存率。利用RNA pull down配合蛋白質(zhì)質(zhì)譜鑒定技術(shù)，作者首次發(fā)現(xiàn)LAMP5-AS1和DOT1L蛋白可能形成復合物。DOT1L是表觀遺傳中非常重要的甲基化酶。作者通過RIP-qPCR進一步確定了MLL細胞存在該復合物，并通過截短型RNA pull down實驗進一步確定了DOT1L的結(jié)合序列。后續(xù)的ChIP-qPCR等實驗證實了該復合物能有效影響DOT1L對組蛋白H3K79的甲基化水平，從而影響細胞的增殖分化。
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4. He S.W. et al: AR-induced long non-coding RNA LINC01503 facilitates proliferation and metastasis via the SFPQ-FOSL1 axis in nasopharyngeal carcinoma. Oncogene. 2020，IF=7.971.
【研究內(nèi)容】：lncRNA LINC01503在鼻咽癌中高表達，并且促進了腫瘤的不良預后。作者在此探討了LINC01503的作用機理，先用RNA pull down和質(zhì)譜鑒定，發(fā)現(xiàn)SEPQ蛋白可能和LINC01503結(jié)合。RIP-qPCR實驗確證了鼻炎癌中LINC01503募集了SEPQ基因?；赟FPQ-FOSL1軸在癌癥研究中的重要地位，作者后續(xù)的工作思路之一也是關注該信號軸，并設計了CHIP-qPCR等實驗做出證明。RNA pull down配合質(zhì)譜鑒定，為此文研究提供了關鍵性的研究源頭。
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