ChIP染色質(zhì)免疫共沉淀實(shí)驗簡介

ChIP（chromatin immunoprecipitation assay, 染色質(zhì)免疫共沉淀）是研究體內(nèi)DNA與蛋白結(jié)合的重要技術(shù)，主要包括ChIP-qPCR和ChIP-seq兩種；其中ChIP-qPCR用來驗證與目標(biāo)蛋白結(jié)合的已知DNA片段，ChIP-seq用來篩選與目標(biāo)蛋白結(jié)合的未知DNA片段。

先用甲醛交聯(lián)細(xì)胞內(nèi)“蛋白-DNA”復(fù)合物，并用超聲波破碎DNA至適合的長度。細(xì)胞裂解后，孵育結(jié)合了抗體的珠子，誘餌蛋白通過其抗體便結(jié)合到了Beads上，同時和誘餌蛋白互作的DNA，也一起沉淀到Beads上。洗滌掉未結(jié)合的DNA后，再用洗脫液將DNA-蛋白復(fù)合物從Beads洗脫下來，便得到染色質(zhì)免疫共沉淀產(chǎn)物。DNA-蛋白復(fù)合物去交聯(lián)后，既可qPCR檢測已知DNA片段，也可用二代測序與蛋白互作的DNA片段。

當(dāng)沒有合適的誘餌蛋白抗體時，可以通過表達(dá)融合了flag標(biāo)簽的誘餌蛋白，利用flag標(biāo)簽做免疫沉淀。即細(xì)胞過表達(dá)Flag-Bait，經(jīng)裂解后與anti-Flag珠子孵育，誘餌融合蛋白與Beads結(jié)合，與誘餌融合蛋白互作的DNA“共沉淀”到Beads上，再經(jīng)洗滌、洗脫后做qPCR或NGS測序。

CHIP染色質(zhì)免疫共沉淀實(shí)驗外包-輝駿服務(wù)優(yōu)勢

輝駿生物10年科研服務(wù)經(jīng)驗，專業(yè)提供分子互作實(shí)驗服務(wù)，包括蛋白與蛋白、蛋白與DNA、蛋白與RNA、RNA與RNA的相互作用技術(shù)，經(jīng)驗豐富，實(shí)驗結(jié)果穩(wěn)定、可靠。

我公司自有分子、細(xì)胞和蛋白實(shí)驗平臺，能執(zhí)行最優(yōu)的實(shí)驗路線。

我們不僅會提供專業(yè)的售前方案建議、而且售后技術(shù)支持將一直保持到文章發(fā)表，確保您安心進(jìn)行下游實(shí)驗及投稿。

目前，客戶已在Nature子刊、Oncogene、Cell Research等高水平期刊成功發(fā)表大量高分文章（點(diǎn)擊查看客戶文獻(xiàn)）。

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Chip染色質(zhì)免疫沉淀實(shí)驗流程

不帶標(biāo)簽的染色質(zhì)免疫共沉淀流程圖

帶標(biāo)簽的染色質(zhì)免疫共沉淀流程圖

Ch-IP染色質(zhì)免疫共沉淀實(shí)驗技術(shù)應(yīng)用背景

◆ 基因表達(dá)是一個復(fù)雜、調(diào)控有序的過程，DNA與蛋白質(zhì)的相互作用是基因轉(zhuǎn)錄起始和調(diào)控的關(guān)鍵，研究它們的相互作用是研究染色質(zhì)上基因表達(dá)調(diào)控的重要領(lǐng)域。

◆ chip（染色質(zhì)免疫共沉淀）是檢測體內(nèi)條件下DNA與蛋白質(zhì)相互作用的方法，該技術(shù)由 Orlando等于1997年創(chuàng)立，目前已廣泛應(yīng)用于組蛋白修飾、轉(zhuǎn)錄因子作用位點(diǎn)和DNA甲基化等研究中。

◆ 轉(zhuǎn)錄因子也稱為反式作用因子，是指能夠與真核基因的順式作用元件發(fā)生特異性相互作用來激活或抑制基因表達(dá)的DNA結(jié)合蛋白。轉(zhuǎn)錄因子有4個主要結(jié)構(gòu)域：DNA結(jié)合域決定了轉(zhuǎn)錄因子的特異性，轉(zhuǎn)錄調(diào)控域（包括激活域或抑制域）決定了轉(zhuǎn)錄因子的功能，寡聚化位點(diǎn)使不同轉(zhuǎn)錄因子間發(fā)生相互作用，核定位信號控制轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)入細(xì)胞核。

◆ 組蛋白是染色質(zhì)基本結(jié)構(gòu)——核小體中的重要組成部分，其N-端尾部暴露在核小體的表面，可發(fā)生乙?；?、甲基化、磷酸化、泛素化、多聚 ADP 糖基化等共價修飾，影響組蛋白與DNA的親和性，改變?nèi)旧|(zhì)的疏松或凝集狀態(tài)，或影響其它轉(zhuǎn)錄因子與靶基因啟動子的親和性，激活或抑制基因表達(dá)。

◆ DNA甲基化是在不改變DNA序列的前提下，由DNA甲基轉(zhuǎn)移酶將S-腺苷甲硫氨酸(SAM)上的甲基轉(zhuǎn)移到DNA上，其中發(fā)生在CpG二核苷酸中胞嘧啶上第5位碳原子的甲基化（5-mC）是DNA甲基化的主要形式。甲基的引入使DNA分子空間結(jié)構(gòu)改變，DNA大溝無法與DNA結(jié)合蛋白（轉(zhuǎn)錄因子、拓?fù)洚悩?gòu)酶、RNA聚合酶、阻抑蛋白等）正常結(jié)合，導(dǎo)致某些基因轉(zhuǎn)錄失活。因此，DNA甲基化通常抑制基因表達(dá)，去甲基化則誘導(dǎo)了基因的重新活化和表達(dá)。

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染色質(zhì)免疫共沉淀chip實(shí)驗服務(wù)信息

服務(wù)項目	服務(wù)內(nèi)容	結(jié)果交付	實(shí)驗周期	客戶提供	價格
ChIP qPCR	Western blot檢測樣本（input）中的誘餌蛋白	Western blot檢測圖	4-5周	實(shí)驗樣本誘餌蛋白的IP級抗體實(shí)驗信息表	點(diǎn)擊詢價
	ChIP調(diào)取誘餌蛋白及其結(jié)合的DNA片段（2組：實(shí)驗組和對照組）	誘餌蛋白的Western blot檢測圖待測DNA序列的qPCR檢測數(shù)據(jù) ChIP實(shí)驗報告
ChIP seq	Western blot檢測樣本（input）中的誘餌蛋白	Western blot檢測圖	4-5周	實(shí)驗樣本誘餌蛋白的IP級抗體實(shí)驗信息表	點(diǎn)擊詢價
	ChIP調(diào)取誘餌蛋白及其結(jié)合的DNA片段（2組：實(shí)驗組和對照組）	誘餌蛋白的Western blot檢測圖 ChIP實(shí)驗報告
	Seq檢測ChIP產(chǎn)物中的DNA片段并分析（2組：input組和實(shí)驗組）	Seq檢測結(jié)果檢測和分析報告	9周

ChIP染色質(zhì)免疫共沉淀實(shí)驗外包樣本要求

樣本類型	ChIP qPCR 建議送樣量	ChIP seq 建議送樣量
動物細(xì)胞	3*10e7個細(xì)胞/組（約3個10cm皿）	5*10e7個細(xì)胞/組（約5個10cm皿）

▲注意：這里列出的均為每組樣本的送樣量，如果實(shí)驗和對照組用的樣本一致，此樣本量*2。詳細(xì)送樣指南可聯(lián)系輝駿生物客服或銷售索取。

保存及運(yùn)輸：-80℃保存，干冰取樣/運(yùn)輸，至少在送樣前2天通知我司。

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chip實(shí)驗技術(shù)研究案例—輝駿生物客戶文章解析

Zhuang Q. et al: NCoR/SMRT co-repressors cooperate with c-MYC to create an epigenetic barrier to somatic cell reprogramming.

Nature Cell Biology. 2018. (IF=28.824)

NCoR/SMRT與c-MYC共同抑制體細(xì)胞重編程

研究概述

Ncor1(編碼NCoR)和Ncor2(編碼SMRT)在小鼠胚胎成纖維細(xì)胞(MEF)、胚胎干細(xì)胞(ESC)和OSKM重編程細(xì)胞中均有表達(dá)，無論用怎樣的轉(zhuǎn)導(dǎo)方法、報告系統(tǒng)、MEF類型或培養(yǎng)基，抑制Ncor1/2的表達(dá)都能增強(qiáng)OSKM誘導(dǎo)的重編程，這是因為NCoR/SMRT–HDAC3共抑制復(fù)合物通過與OSKM因子（尤其是c-MYC）相互作用為重編程制造障礙，這一發(fā)現(xiàn)揭示了c-MYC在重編程中的雙重作用，也有助于解釋為何用OSKM而非OSK誘導(dǎo)重編程更容易產(chǎn)生pre-iPSCs，以及為何用HDAC抑制劑對OSKM而非OSK誘導(dǎo)的重編程能產(chǎn)生更強(qiáng)的效果等問題。

研究路線

RNA-seq發(fā)現(xiàn)敲除NCoR/SMRT可在重編程后期激活多能性基因

基因過表達(dá)/干擾結(jié)果顯示NCoR/SMART抑制重編程需要借助HDAC3去乙?；富钚?/span>

H3K27ac的ChIP實(shí)驗表明HDAC3通過誘導(dǎo)多能基因位點(diǎn)的組蛋白去乙酰化來抑制重編程

NCoR/SMRT的ChIP實(shí)驗表明NCoR/SMRT通過HDAC3介導(dǎo)的組蛋白去乙?；种贫嗄芑蚣せ?/span>

COIP和ChIP等表明c-MYC與 NCoR/SMRT和HDAC3相互組用，招募它們到多能基因位點(diǎn)

報告基因和誘導(dǎo)重編程等實(shí)驗發(fā)現(xiàn)c-myc募集NCoR/SMRT-HDAC3抑制多能基因?qū)χ鼐幊掏砥谑遣焕?/span>

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蛋白組/代謝組實(shí)驗

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? 廣泛靶向代謝組學(xué)

蛋白/核酸相互作用實(shí)驗

? GST pull down

? RNA pull down RNA pulldown,DNA pulldown,GST pulldown.png

? DNA pull down

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分子細(xì)胞生物學(xué)實(shí)驗

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科研產(chǎn)品

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抗體工程服務(wù)

實(shí)驗試劑盒

? RNA pull down 試劑盒 RNA pulldown試劑盒 GST pulldown試劑盒 coip試劑盒 flag試劑盒 .jpg

? GST pull down 試劑盒

? COIP 試劑盒

? Flag 試劑盒

輝駿實(shí)力

輝駿實(shí)驗外包服務(wù).jpg

輝駿生物提供的ChIP染色質(zhì)免疫共沉淀服務(wù)分為以下兩種：

1. ChIP qPCR，用于檢測某樣本中的誘餌蛋白和待測DNA片段是否結(jié)合；

2. ChIP seq，用于篩選某樣本中的誘餌蛋白可以結(jié)合哪些DNA區(qū)域。

ChIP（染色質(zhì)免疫共沉淀）檢測服務(wù)
服務(wù)項目	服務(wù)內(nèi)容	結(jié)果交付	實(shí)驗周期	客戶提供	價格
ChIP qPCR	Western blot檢測樣本（input）中的誘餌蛋白	Western blot檢測圖	5-6周	實(shí)驗樣本誘餌蛋白的IP級抗體實(shí)驗信息表（樣本信息，誘餌蛋白及待測DNA序列）	點(diǎn)擊詢價
	ChIP調(diào)取誘餌蛋白及其結(jié)合的DNA片段（2組：實(shí)驗組和對照組）	ChIP實(shí)驗報告
	Western blot檢測ChIP產(chǎn)物中的誘餌蛋白	Western blot檢測圖
	qPCR檢測ChIP產(chǎn)物中的待測DNA片段	qPCR檢測數(shù)據(jù)
ChIP seq	Western blot檢測樣本（input）中的誘餌蛋白	Western blot檢測圖	5-6周	實(shí)驗樣本誘餌蛋白的IP級抗體實(shí)驗信息表（樣本信息，誘餌蛋白序列）	點(diǎn)擊詢價
	ChIP調(diào)取誘餌蛋白及其結(jié)合的DNA片段（2組：實(shí)驗組和對照組）	ChIP實(shí)驗報告
	Western blot檢測ChIP產(chǎn)物中的誘餌蛋白	Western blot檢測圖
	seq檢測ChIP產(chǎn)物中的DNA片段并分析	seq檢測結(jié)果、檢測和分析報告	9周

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ChIP服務(wù)優(yōu)勢*輝駿生物

近十年服務(wù)經(jīng)驗，服務(wù)案例眾多，客戶發(fā)文Nature Cell Biology等高質(zhì)量期刊

可對圍繞DNA結(jié)合蛋白開展的整體課題提供全方位方案建議

自有分子及細(xì)胞生物實(shí)驗平臺，能有效制定并執(zhí)行最優(yōu)的實(shí)驗路線

售后技術(shù)支持將一直保持到客戶發(fā)表文章，確?？蛻舭残倪M(jìn)行下游實(shí)驗及投稿

染色質(zhì)免疫共沉淀ChIP樣本要求

1. 送樣量要求

樣本類型	ChIP-qPCR建議送樣量	ChIP-seq建議送樣量
動物細(xì)胞	3*10e7個細(xì)胞/組（約3個10cm皿）	5*10e7個細(xì)胞/組（約5個10cm皿）

2. 樣本保存和運(yùn)輸要求：

（1）客戶收集細(xì)胞前需要先進(jìn)行甲醛交聯(lián)，之后收集細(xì)胞沉淀，用PBS清洗干凈后，離心去掉液體，先放入液氮中速凍，再轉(zhuǎn)移至-80℃冰箱中保存；廣州市內(nèi)的客戶也可以提供活細(xì)胞（常溫運(yùn)輸，如果冬天溫度較低可以用37℃復(fù)溫的冰袋保存），我方交聯(lián)；

（2）樣本一定要做好標(biāo)記，應(yīng)用油性防凍記號筆或標(biāo)簽紙在管上注明樣本名稱或編號；

（3）樣本較多或需要分批做，要將樣本分裝；

（4）干冰取樣/運(yùn)輸；需要至少在送樣前一天通知我方。

Chip實(shí)驗結(jié)果示例

圖片.png

ChIP qPCR檢測數(shù)據(jù)

ChIP組相對于input組的富集圖（% input）

ChIP組相對于IgG組的富集圖

ChIP實(shí)驗客戶文章

1.Zhuang Q. et al: NCoR/SMRT co-repressors cooperate with c-MYC to create an epigenetic barrier to somatic cell reprogramming. Nature Cell Biology.2018，IF=17.728.
【研究內(nèi)容】：客戶通過RNA-seq證明了NCoR/SMRT共抑制子與多能位點(diǎn)結(jié)合，IP實(shí)驗、ChIP-qPCR分析進(jìn)一步表明，NCoR/SMRT-HDAC3復(fù)合物在OSKM重編程中誘導(dǎo)組蛋白去乙?；亩嗄芪稽c(diǎn)。ChIP-seq分析發(fā)現(xiàn)，NCoR/SMRT中還存在著一個c-MYC結(jié)合基序。研究揭示了NCoR/SMRT共抑制子在重編程中的作用，并提出了c-MYC在這一過程中的雙重功能。
使用相關(guān)技術(shù)：染色質(zhì)免疫共沉淀ChIP、chip qpcr實(shí)驗

2.Wang R.H. et al: A requirement for breast-cancer-associated gene 1(BRCA1) in the spindle checkpoint. PANS. 2004，IF=9.58.
【研究內(nèi)容】：研究表明BRCA1缺陷型細(xì)胞的有絲分裂受到影響，存在紡錘體檢查點(diǎn)缺陷。客戶檢測和紡錘體檢查點(diǎn)密切相關(guān)的幾個基因，發(fā)現(xiàn)BRCA1缺陷型Mad2基因表達(dá)水平變化明顯，由此推測BRCA1是通過影響Mad2的表達(dá)，從而影響有絲分裂的。DNA pulldown及ChIP-qPCR實(shí)驗證實(shí)了BRCA1可以和Mad2啟動子結(jié)合，進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)BRCA1確實(shí)上調(diào)Mad2從而影響有絲分裂。
使用相關(guān)技術(shù)：chip技術(shù)服務(wù)、染色質(zhì)免疫共沉淀ChIP-seq

4899+客戶已添加微信獲取實(shí)驗優(yōu)惠！

貨號	規(guī)格	貨期	價格
ChIP試劑盒（Protein G 樹脂）	FI8902	現(xiàn)貨	點(diǎn)擊詢價
ChIP試劑盒（Protein A/G 磁珠）	FI8903	現(xiàn)貨
ChainFree^TM FLAG-Tag ChIP試劑盒	FI8904	現(xiàn)貨
ChainFree^TM GFP-Tag ChIP試劑盒	FI8907	現(xiàn)貨
ChainFree^TM mCherry-Tag ChIP試劑盒	FI8908	現(xiàn)貨

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染色質(zhì)免疫共沉淀試劑盒（ChIP試劑盒）簡介

染色質(zhì)免疫共沉淀ChIP是研究體內(nèi)DNA與蛋白質(zhì)結(jié)合的技術(shù)。先用甲醛交聯(lián)細(xì)胞內(nèi)的“蛋白-DNA”復(fù)合物，裂解細(xì)胞后，用超聲波破碎DNA至適合的長度，采用特異性抗體捕獲細(xì)胞內(nèi)的誘餌蛋白及其結(jié)合的DNA片段，再加入protein G樹脂沉淀“抗體-誘餌蛋白-結(jié)合DNA” 復(fù)合體，隨后將蛋白與DNA解交聯(lián)，提取結(jié)合的DNA。該DNA可用于后續(xù)的定量PCR檢測（qPCR）或高通量測序（seq）。

chip檢測試劑盒產(chǎn)品應(yīng)用

基因表達(dá)是一個復(fù)雜、調(diào)控有序的過程，DNA與蛋白質(zhì)的相互作用是基因轉(zhuǎn)錄起始和調(diào)控的關(guān)鍵。ChIP（染色質(zhì)免疫共沉淀）是檢測體內(nèi)條件下DNA與蛋白質(zhì)相互作用的方法，用于驗證或?qū)ふ遗c已知蛋白結(jié)合的DNA序列。以下列舉了可應(yīng)用ChIP試劑盒的幾個研究方向：

組蛋白修飾（如磷酸化、乙?；?、甲基化等）與基因表達(dá)的關(guān)系研究

轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子與DNA的作用研究

DNA甲基化調(diào)控研究

chip染色質(zhì)免疫共沉淀試劑盒組分

試劑名稱	體積（12 Tests）	體積（24 Tests）	保存條件
Protein G或Protein A/G beads	500 μL	1 mL	4 ℃，1年
裂解緩沖液	7 mL	14 mL	4 ℃，1年
漂洗液	25 mL	50 mL	4 ℃，1年
洗脫緩沖液	400 μL	800 μL	4 ℃，1年
10xTE緩沖液	550 μL	1.1 mL	4 ℃，1年
NaCl	260 μL	520 μL	4 ℃，1年
Proteinase K	130 μL	260 μL	-20 ℃，1年
RNaseA	130 μL	260 μL	-20 ℃，1年
蛋白酶抑制劑	190 μL	380 μL	-20 ℃，1年

ChIP試劑盒—輝駿生物產(chǎn)品優(yōu)勢

1. 優(yōu)化的proteinG或proteinA/G beads與抗體親和效率高，抗體用量少。

2. 操作簡便，周期短，適合初學(xué)者。

3. 品質(zhì)好，實(shí)驗結(jié)果穩(wěn)定。

4. 適配后續(xù)qPCR和高通量測序?qū)嶒灐?/span>

染色質(zhì)免疫共沉淀ChIP試劑盒-chip檢測試劑盒價格低-輝駿生物專業(yè)chip試劑盒供應(yīng)商

chip試劑盒使用案例

實(shí)驗?zāi)繕?biāo)：檢測誘餌蛋白（A）和待測DNA序列（B）的結(jié)合。

輝駿生物chip試劑盒使用案例-誘餌蛋白的western-blot檢測圖

圖一：誘餌蛋白的western-blot檢測圖

Normalized to Input	B基因-引物1	B基因-引物2
Input	1	1
IgG_ChIP	0.01%	0.01%
Anti-A_ChIP	0.44%	0.23%
Normalized to IgG	B基因-引物1	B基因-引物2
IgG_ChIP	1	1
Anti-A_ChIP	59.19	50.80

ChIP-qPCR結(jié)果統(tǒng)計表

圖二：ChIP-qPCR結(jié)果統(tǒng)計圖

ChainFree^TM ChIP試劑盒組分

試劑名稱	體積（12 Tests）	體積（24 Tests）	保存條件
ChainFree^TM 標(biāo)簽抗體磁珠	250 μL	500 μL	4 ℃，1年
裂解緩沖液	7 mL	14 mL	4 ℃，1年
漂洗液	25 mL	50 mL	4 ℃，1年
洗脫緩沖液	400 μL	800 μL	4 ℃，1年
10xTE緩沖液	550 μL	1.1 mL	4 ℃，1年
NaCl	260 μL	520 μL	4 ℃，1年
Proteinase K	130 μL	260 μL	-20 ℃，1年
RNaseA	130 μL	260 μL	-20 ℃，1年
蛋白酶抑制劑	190 μL	380 μL	-20 ℃，1年

ChainFree^TM系列ChIP試劑盒-輝駿生物產(chǎn)品優(yōu)勢

1、無抗體輕重鏈污染：IP復(fù)合物無論采用非變性洗脫還是變性洗脫，均不會出現(xiàn)抗體的輕、重鏈污染問題。

2、親和力強(qiáng)：低nM級別親和力，輕松應(yīng)對低拷貝基因，或難轉(zhuǎn)染細(xì)胞系。

3、特異性強(qiáng)：抗體磁珠通過了20株以上的空白細(xì)胞系檢測，不易產(chǎn)生非特異吸附。

4、結(jié)合量高：每10 μL抗體磁珠可結(jié)合約15 μg重組蛋白。

Input原理及其作用是什么？

DNA或者RNA片段化后，在進(jìn)行免疫沉淀前，需要取一部分?jǐn)嗔押蟮娜旧|(zhì)做Input對照（不進(jìn)行免疫沉淀過程）。Input是斷裂后的基因組DNA或者RNA，需要與沉淀后的樣品DNA/RNA一起經(jīng)過逆轉(zhuǎn)交聯(lián)，DNA/RNA純化，以及最后的PCR或其他方法檢測。通過后續(xù)數(shù)據(jù)分析，我們可以通過Input對照排除背景噪音（排除因本底表達(dá)水平高或一些非特異性結(jié)合所造成的假陽性peaks），驗證染色質(zhì)斷裂的效果和整個實(shí)驗中IP效果，所以Input對照是IP-seq實(shí)驗必不可少的步驟。