染色質(zhì)免疫沉淀測(cè)序 (ChIP-Seq) 是一種強(qiáng)大的工具，使研究人員能夠研究和了解蛋白質(zhì)-DNA 相互作用以及它們對(duì)基因表達(dá)和細(xì)胞功能的影響。

ChIP-Seq 分析結(jié)合染色質(zhì)免疫沉淀 (ChIP) 測(cè)定和下一代測(cè)序 (Seq) 來識(shí)別整個(gè)基因組中轉(zhuǎn)錄因子和其他蛋白質(zhì)的 DNA 結(jié)合位點(diǎn)。 該技術(shù)為研究人員提供了對(duì)健康狀態(tài)和各種疾病中發(fā)生的基因調(diào)控事件的深入了解。

組蛋白

組蛋白是小而簡單的蛋白質(zhì)，通常存在于細(xì)胞核中，將 DNA 鏈組織成核小體。這些核小體中發(fā)生的任何變化都被認(rèn)為與細(xì)胞分裂和轉(zhuǎn)錄過程中染色質(zhì)狀態(tài)和功能的改變有關(guān)。

組蛋白修飾

組蛋白經(jīng)歷了廣泛的翻譯后修飾， 這些主要發(fā)生在從核小體表面延伸的組蛋白的氨基末端尾部，至少有兩種機(jī)制被認(rèn)為可以解釋這些修飾如何介導(dǎo)染色體的功能。

首先是修飾改變了組蛋白的靜電荷，導(dǎo)致其結(jié)構(gòu)變化或改變了它與 DNA 的結(jié)合方式。  第二個(gè)表明這些修飾創(chuàng)造了蛋白質(zhì)識(shí)別模塊可以結(jié)合的位點(diǎn)。  組蛋白修飾提供了一種表觀遺傳機(jī)制，可以調(diào)節(jié)一系列重要的健康和疾病相關(guān)過程。

表觀遺傳修飾是調(diào)節(jié)基因表達(dá) 和基因組功能的關(guān)鍵因素， 在各種類型的表觀遺傳修飾中，組蛋白修飾對(duì)于想要了解不同類型細(xì)胞、細(xì)胞階段和細(xì)胞環(huán)境中表觀遺傳和基因表達(dá)調(diào)控的研究人員具有重要意義。

組蛋白翻譯后修飾會(huì)影響許多基于染色質(zhì)的反應(yīng)，而那些影響基因表達(dá)的反應(yīng)尤其重要，因?yàn)樗鼈儠?huì)影響整個(gè)轉(zhuǎn)錄程序。 中，翻譯后修飾的代謝異常與基因表達(dá)的錯(cuò)誤調(diào)節(jié)有關(guān)體外研究，它們還與人類疾病有關(guān)，包括癌癥和免疫缺陷疾病。  因此，組蛋白標(biāo)記的調(diào)節(jié)及其對(duì)修飾特異性結(jié)合蛋白關(guān)聯(lián)的影響是一個(gè)持續(xù)關(guān)注的領(lǐng)域。

確定組蛋白修飾的作用通常涉及分析修飾的豐度及其相互作用的結(jié)合伙伴。

組蛋白修飾的ChIP-Seq鑒定

ChIP-Seq 已成為一種穩(wěn)健、常規(guī)和全面的技術(shù)，用于研究和測(cè)量整個(gè)基因組中的各種翻譯后組蛋白修飾。 這些修飾，包括甲基化、 乙酰化 、磷酸化和泛素化，都是基因組功能和保持其完整性的關(guān)鍵。

它們有助于沉默轉(zhuǎn)座因子，并在發(fā)育過程中調(diào)節(jié)某些基因。  不正確的修飾位置可能導(dǎo)致不健康的細(xì)胞表型，包括在衰老過程中看到的那些，在癌癥的情況下以及對(duì)具有挑戰(zhàn)性的營養(yǎng)或環(huán)境狀態(tài)的反應(yīng)。

ChIP-Seq 分析中的一種常見方法是獲取實(shí)驗(yàn)樣本（疾病樣本）和參考樣本（健康樣本）的 ChIP-Seq 配置文件，并比較它們以識(shí)別組蛋白修飾模式的差異。  然后這些可用于建立參與發(fā)育或疾病中發(fā)生的各種過程的基因或調(diào)節(jié)機(jī)制。

輝駿生物提供的ChIP染色質(zhì)免疫共沉淀服務(wù)分為以下兩種：

1. ChIP qPCR，用于檢測(cè)某樣本中的誘餌蛋白和待測(cè)DNA片段是否結(jié)合；

2. ChIP seq，用于篩選某樣本中的誘餌蛋白可以結(jié)合哪些DNA區(qū)域。

ChIP服務(wù)優(yōu)勢(shì)*輝駿生物

ChIP實(shí)驗(yàn)-客戶發(fā)表文獻(xiàn)

1.Zhuang Q. et al: NCoR/SMRT co-repressors cooperate with c-MYC to create an epigenetic barrier to somatic cell reprogramming. Nature Cell Biology.2018，IF=17.728. 【研究內(nèi)容】：客戶通過RNA-seq證明了NCoR/SMRT共抑制子與多能位點(diǎn)結(jié)合，IP實(shí)驗(yàn)、ChIP-qPCR分析進(jìn)一步表明，NCoR/SMRT-HDAC3復(fù)合物在OSKM重編程中誘導(dǎo)組蛋白去乙?；亩嗄芪稽c(diǎn)。ChIP-seq分析發(fā)現(xiàn)，NCoR/SMRT中還存在著一個(gè)c-MYC結(jié)合基序。研究揭示了NCoR/SMRT共抑制子在重編程中的作用，并提出了c-MYC在這一過程中的雙重功能。 使用相關(guān)技術(shù)：染色質(zhì)免疫共沉淀ChIP、chip qpcr實(shí)驗(yàn)

2.Wang R.H. et al: A requirement for breast-cancer-associated gene 1(BRCA1) in the spindle checkpoint. PANS. 2004，IF=9.58. 【研究內(nèi)容】：研究表明BRCA1缺陷型細(xì)胞的有絲分裂受到影響，存在紡錘體檢查點(diǎn)缺陷?？蛻魴z測(cè)和紡錘體檢查點(diǎn)密切相關(guān)的幾個(gè)基因，發(fā)現(xiàn)BRCA1缺陷型Mad2基因表達(dá)水平變化明顯，由此推測(cè)BRCA1是通過影響Mad2的表達(dá)，從而影響有絲分裂的。DNA pulldown及ChIP-qPCR實(shí)驗(yàn)證實(shí)了BRCA1可以和Mad2啟動(dòng)子結(jié)合，進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)BRCA1確實(shí)上調(diào)Mad2從而影響有絲分裂。 使用相關(guān)技術(shù)：chip技術(shù)服務(wù)、染色質(zhì)免疫共沉淀ChIP-seq