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磁珠法如何有效提取核酸?

一、液化

將固體樣本轉化為液體樣本是最重要的樣本前處理方法,固體樣本是很難直接在試劑盒的作用下用于提取核酸的。固體樣本跟雜質一樣,會嚴重阻礙磁珠吸附核酸,并且耗損大量的磁珠位點,很難取得良好的提取效果。

常見的固體樣本如植物組織、動物組織、泥土、濃痰等。
 

植物組織和動物組織,可剪取適量的樣本,在研缽內快速研磨。研磨時如果需要保護RNA,可以采用液氮研磨的方式。如果不需要提取RNA,也可以加入裂解液或者生理鹽水幫助研磨成勻漿狀態(tài)。泥土的處理方式主要是通過浸泡。因為從泥土中提取核酸,并非提取泥土本身,而是提取泥土中存在的微生物的核酸。使用生理鹽水或者其他適當緩沖液體浸泡泥土,如果是較為干硬致密的泥土,浸泡前可以先碾碎成小顆粒,浸泡過程中可用小棒攪動幫助泥土分散。浸泡一段時間后,將泥漿用三層濾紙過濾,過濾所得的液體,即可用于磁珠法提取。
 

如濃痰、膿液等固液混合又較為黏膩的生物樣本,可以先使用氫氧化鈉液體進行堿解液化,再酸中和后,作為液體樣本進行磁珠法提取。以上方法處理固體樣本,所得的液體,可能并不完全清澈透明,雜質還是相對較多的,如果必要,使用離心的方式,可以除去更多的雜質,但相對應該控制離心速度在10000r/min以下,否則核酸也會一起隨雜質被離心下去。


二、富集

很多時候,用磁珠法提取的核酸都是微量或者痕量的樣本,直接使用樣本進行操作,所能得到的核酸很少,這就要求下游的檢測試劑靈敏度很高,如果檢測試劑靈敏度不足,在樣本痕量的情況下,很可能檢測不出,出現(xiàn)假陰性。所以對于微量樣本和痕量樣本,可以進行富集前處理。


有些時候,樣本屬于常量樣本,但下游實驗需求核酸量大,也需要對樣本進行富集,以便每個提取都能獲得更多的核酸?;蛘邩颖玖烤薮螅瑹o法直接使用試劑盒進行提取,也需要進行富集操作。常見的富集方法包括蒸發(fā)和離心。
 

以土壤浸潤水樣本為例,浸泡大量的土壤樣本,獲得了500ml浸潤水,顯然無法將500ml浸潤水作為樣本直接提取??梢韵葘颖痉盅b在兩個30ml離心管內進行,12000r/min離心十分鐘,棄去上清液后,用適量生理鹽水重懸沉淀后,移入小離心管內,在80℃溫度下蒸發(fā)液體至液體量少于300ul,即可用于磁珠法進行核酸提取。


三、除雜

很多生物樣本中都含有大量的雜質,這些雜質有的可以在試劑盒核酸提取的過程中被洗滌液除去,但有些,很難通過后續(xù)的試劑盒洗滌直接除去,這就要求我們在樣本前處理的時候,就直接先做初步的除雜。以大量血液樣本為例,常規(guī)定量血液樣本(200ul以下),通常是不需要提前除雜的。但如果血液樣本的量很大,如4-5ml/提取,就很難直接進行了,不僅樣本的量超過常規(guī)試劑盒的容納范圍,雜質也非常多。通常的做法是,提前加入紅細胞裂解液,離心,棄去上層液體,裂解液重懸樣本。各種各樣的樣本前處理方法是很靈活多樣的,根據下游需求不同,樣本特性不同,通常是多種前處理方式組合應用,以達到最佳效果。


四、結語
總之,在磁珠法核酸提取的過程中,樣本的前處理工作對整個提取結果會有至關重要的影響。當然,選取合適的磁珠,更能使提取結果事半功倍,吉恩特生物的01系列磁珠,半沉降時間可達15min以上,磁吸時間僅為15s左右,可為操作者帶來不一樣的磁珠操作體驗。

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