理論知識點看了多遍,但還是分不清IP,Co-IP,GST pull down?輝駿生物在下文除了介紹介紹IP與Co-IP區(qū)別知識要點,也將研究蛋白互作幾種方法(酵母雙雜交系統(tǒng)(Y2H),CO-IP的關(guān)系,GST-Pull Down)之間的區(qū)別以及優(yōu)缺點簡明扼要的收納進來。
獨角戲——IP:
免疫沉淀(Immunoprecipitation,IP)就是用偶聯(lián)相應抗體的磁珠把你要研究的蛋白X免疫沉淀下來,然后去檢測它。例如蛋白X在細胞內(nèi)的蛋白量不同,或者有著不同的翻譯后修飾,這時就可以用X蛋白抗體+Prorein A beads來進行IP,從細胞中把蛋白X拉下,再用特異的抗體(如磷酸化,泛素化抗體)進行WB來檢測蛋白X的變化。簡言之,IP就是檢測單個蛋白的狀態(tài)(高矮胖瘦,有沒有戴帽子,穿的什么衣服等等)。
眾里尋她千百度——酵母雙雜交系統(tǒng)(Y2H):
酵母雙雜交系統(tǒng)的建立是基于對真核生物轉(zhuǎn)錄調(diào)控過程的認識。真核生物中基因轉(zhuǎn)錄需要轉(zhuǎn)錄激活因子的參與,真核生物的轉(zhuǎn)錄激活因子含有兩個不同的結(jié)構(gòu)域:DNA 結(jié)合結(jié)構(gòu)域(DNA binding domain,DNA-BD)和DNA轉(zhuǎn)錄激活結(jié)構(gòu)域(Activation domain,AD),這兩個結(jié)構(gòu)域可以獨立分開,功能互不影響。BD和AD分別單獨作用并不能激活轉(zhuǎn)錄反應,只有當二者在空間上充分接近時,才呈現(xiàn)完整的轉(zhuǎn)錄激活因子活性,使下游基因得到轉(zhuǎn)錄。根據(jù)這一原理,可設(shè)計酵母雙雜交系統(tǒng)。
將兩待研究蛋白(蛋白 X 與蛋白 Y)分別與 BD、AD 結(jié)構(gòu)域構(gòu)建融合質(zhì)粒。將構(gòu)建好的兩個質(zhì)粒轉(zhuǎn)入同一酵母細胞中表達,如果兩蛋白之間不存在相互作用,則下游基因(報告基因)不會轉(zhuǎn)錄表達;如果兩個蛋白間存在相互作用,則BD與AD兩結(jié)構(gòu)域空間上很接近,從而下游基因(報告基因)得以轉(zhuǎn)錄。通過報告基因表達與否,即可判斷兩蛋白之間是否存在相互作用。
通常在現(xiàn)實情況中,與蛋白X存在潛在互作可能的候選蛋白會有好幾種(Y,Z,A,B等),這時我們就可以通過酵母雙雜交在體內(nèi)篩選與X有相互作用的蛋白Y。
遇見愛情——Co-IP:
竟然我們在體內(nèi)驗證過,那么蛋白X和蛋白Y在體外是否也存在相互作用了?這個時候我們可以用到CoIP了~
免疫共沉淀(Co-immunoprecipitation,Co-IP)的原理和IP是一樣的,當細胞在非變性條件下被裂解時,完整細胞內(nèi)存在的許多蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用被保留了下來,假如細胞內(nèi)存在 XY 蛋白復合物,用 X(X也稱為誘餌蛋白)的抗體免疫沉淀 X,那么與
X 在體內(nèi)結(jié)合的蛋白質(zhì) Y(Y也稱為靶蛋白)也被沉淀下來。因此在細胞裂解液中加入 X 的抗體沉淀蛋白X,隨后利用蛋白印跡(western blot,WB)檢測沉淀中是否存在蛋白 Y,如果存在,則說明細胞內(nèi)存在XY蛋白復合物,即蛋白XY存在相互作用。(在體外驗證X和Y之間有聯(lián)系)
在我們用酵母雙雜交和Co-IP雙保險驗證X和Y之間確實存在相互作用后,我們發(fā)現(xiàn)酵母雙雜交和Co-IP的結(jié)果都只能說明X和Y之間有相互作用,但并不能確定這種相互作用是直接的還是間接的,這個時候存在兩種可能:
X與Y之間存在直接的相互作用(X和Y自由戀愛一見鐘情)
也就是說也許是X與M相互作用,而Y也和M相互作用,這樣,用A的抗體可以把M拉下來,但同時M又把B也拉下來了(X和Y是通過他們共同的朋友M介紹才認識然后在一起的)
要想準確確定X和Y直接的作用到底是直接的還是間接的了,這個時候我們需要祭出我們大boss——GST pull down實驗~
GST pull-down實驗是一個行之有效的驗證酵母雙雜交系統(tǒng)的體外試驗技術(shù), 近年來越來越受到廣大學者的青睞。
原理:將靶蛋白和GST組成的融合蛋白固定在谷胱甘肽(GSH)親和樹脂上,作為與目的蛋白親和支撐物,充當一種“誘餌蛋白”,目的蛋白溶液過柱,可從中捕獲與之相互作用的“捕獲蛋白”(目的蛋白),洗脫結(jié)合物后通過SDS-PAGE電泳分析,從而證實兩種蛋白間的相互作用或篩選相應的目的蛋白,“誘餌蛋白”和“捕獲蛋白”均可通過細胞裂解物、純化的蛋白、表達系統(tǒng)以及體外轉(zhuǎn)錄翻譯系統(tǒng)等方法獲得,此方法簡單易行,操作方便。
如何選擇:
Co-IP,GST pull down和酵母雙雜交是研究蛋白互做最常用的三種方法,一般常用酵母雙雜交來篩選,用Co-IP和GST pull down用來驗證。研究不僅在整體蛋白層面,還包括蛋白的結(jié)構(gòu)域?qū)用?,GST pulldown是用來驗證蛋白X與Y是直接結(jié)合的,而Y2H和Co-IP結(jié)果則還有間接作用以及非特異性作用。
輝駿生物專業(yè)提供Co-IP免疫共沉淀、GST pull down、RNA pull down、DNA pull down等多種蛋白互作實驗,近十年服務經(jīng)驗,客戶成果發(fā)表在Nature Methods,Oncogene,Cell Research等高水平期刊上。自有蛋白質(zhì)組學平臺,對質(zhì)譜鑒定有十足的把控能力,對后續(xù)的生物信息分析有獨到的見解;售后技術(shù)支持將一直保持到客戶發(fā)表文章,確??蛻舭残倪M行下游實驗及投稿。
? miRNA靶基因驗證 ? 人cDNA克隆庫 ? 慢病毒表達載體 ? 慢病毒干擾載體 ? 抗體從頭測序 ? 抗體表達服務 ? 重組抗體表達 ? COIP 試劑盒 ? Flag 試劑盒
? 慢病毒包裝
上一篇:腺病毒感染目的細胞預實驗步驟
下一篇:修飾非編碼 RNA 以減少感染
官方微信
電子郵箱
service@fitgene.com
聯(lián)系電話
020-32053431 / 400-699-1663
聯(lián)系地址
廣州市黃埔區(qū)科學城廣州國際企業(yè)孵化器D506
?2011-2024 廣州輝駿生物科技股份有限公司 主營業(yè)務:RNA pull down DNA pull down GST pull down CoIP LC-MS/MS TAP-MS 抗體測序 版權(quán)所有 粵ICP備19156356號 | 網(wǎng)站地圖