在進行Co-IP實驗時，我們常常會遇到讓人非常頭疼的抗體輕重鏈污染，下面輝駿生物和大家一起探討這些問題產(chǎn)生的原因和解決方法，幫助大家制定更合理的實驗方案。

一．為什么IP時會有抗體輕重鏈污染？

眾所周知，Co-IP是研究蛋白與蛋白相互作用的技術(shù)，基于抗體和抗原特異性結(jié)合的原理，采用結(jié)合了目標蛋白抗體的beads，調(diào)取樣本中天然結(jié)合的目標誘餌蛋白（Bait）及其互作蛋白，去除未結(jié)合的蛋白后，再將復(fù)合物從beads上洗脫下來，進行后續(xù)western-blot或質(zhì)譜鑒定。

由上圖可知，免疫沉淀復(fù)合物包括：Beads、抗體（約25kD的輕鏈+約55kD的重鏈蛋白）、誘餌蛋白和互作蛋白。為了檢測復(fù)合物中的蛋白，必須將這些蛋白與抗體、beads分離。無論變性還是非變性洗脫方法，都不可避免的會將IP抗體一起洗脫下來，使之殘留在最終的洗脫液中。

當后續(xù)進行western-blot檢測時，洗脫液中的IP抗體也會被轉(zhuǎn)移到膜上，因此WB二抗不僅會識別WB一抗，還會識別這些殘留的IP抗體，導(dǎo)致結(jié)果圖中除了目標蛋白條帶，還常常有抗體的輕鏈和重鏈條帶。如果恰好目標蛋白條帶也在55 kDa或25 kDa左右，則會和輕重鏈條帶混淆在一起而無法區(qū)分。

當后續(xù)進行質(zhì)譜檢測時，IP抗體也被一起酶解和進入質(zhì)譜儀，由于抗體的絕對含量遠高于樣本中蛋白的含量，這些肽段會有更大概率的被檢測到，從而了降低了其他低豐度蛋白的檢出概率，導(dǎo)致鑒定的互作蛋白更少。

二．怎么解決抗體輕重鏈污染？

技術(shù)人員想了一系列的方法來減少抗體輕重鏈對IP結(jié)果的干擾，例如：

1、IP抗體選用共價偶聯(lián)到beads上的抗體；

2、IP抗體選用沒有恒定區(qū)的納米抗體；

3、選用直接標記HRP的一抗；

4、選用只識別天然構(gòu)象抗體或只識別抗體輕鏈或重鏈的二抗。

其中方法1和2的抗體不僅售價很高，而且很多時候根本買不到。方法3和4只能掩蓋Western-blot檢測時的輕重鏈干擾，并不能真正消除這些污染，如果IP后的蛋白需要做質(zhì)譜，它們則無用武之地。除此之外，我們還能怎么辦呢？

雖然我們很難買到偶聯(lián)beads的誘餌蛋白抗體，但是我們能很容易買到偶聯(lián)beads的標簽抗體呀！當在樣本中過表達帶標簽（例如Flag、GFP等）的誘餌蛋白時，相當于給蛋白帶上了“尾巴”，用這個“尾巴”的抗體beads來做IP，不僅方便，而且成本低，易于購買。目前，生產(chǎn)標簽抗體磁珠的廠家很多，最常見的是將普通的flag抗體直接偶聯(lián)在beads，可是當小伙伴兒們真正開始實驗時，卻發(fā)現(xiàn)偶聯(lián)的flag抗體依舊會殘留在IP洗脫液中，這是為什么呢？

事實上抗體并不是個單一蛋白，是由兩條重鏈和兩條輕鏈蛋白共價偶聯(lián)成的多聚體結(jié)構(gòu)，如果不能保證4條鏈都完全偶聯(lián)在beads上，還是會有抗體污染，尤其當用到比較強烈的洗脫方法時（例如加入WB loading buffer煮樣洗脫），這種污染尤為嚴重。

難道沒有完全無污染的抗體beads嗎？當然有！結(jié)合多年的互作實驗和質(zhì)譜經(jīng)驗，輝駿生物開發(fā)了專門解決輕重鏈污染問題的ChainFree^?標簽抗體磁珠，涵蓋了目前主流的多種標簽，比如Flag、HA、Myc、V5、GFP、mCherry。該磁珠上偶聯(lián)了經(jīng)過嚴格篩選、優(yōu)化并重組表達的無輕、重鏈的標簽抗體，完全解決了抗體污染問題，并且采用的是定向偶聯(lián)技術(shù)，抗體磁珠對誘餌蛋白的親和力很強，每次IP實驗最多使用20ul就可以達到很好的效果，尤其當目標蛋白很難表達或者細胞很難轉(zhuǎn)染時，這個磁珠就可以極大的發(fā)揮優(yōu)勢。

泳道1：轉(zhuǎn)染Flag空載體的HEK-293T細胞裂解液

泳道2：轉(zhuǎn)染Flag-誘餌蛋白的HEK-293T細胞裂解液

泳道3：轉(zhuǎn)染Flag空載體的HEK-293T細胞裂解液采用20 μL ChainFree^? Anti-Flag 磁珠IP后的洗脫液

泳道4：轉(zhuǎn)染Flag-誘餌蛋白的HEK-293T細胞裂解液采用20 μL ChainFree^? Anti-Flag 磁珠IP后的洗脫液

一抗：Anti-Flag小鼠單克隆抗體1:2500稀釋（輝駿產(chǎn)品貨號：FI01104）

二抗：羊抗鼠IgG (H+L) ：1:8000稀釋

預(yù)計分子量大?。?5 kDa

廣州輝駿生物科技股份有限公司ChainFree^?系列產(chǎn)品（現(xiàn)貨）