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BLAST是生命科學(xué)研究中常用的一套在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫或核酸數(shù)據(jù)庫中進行序列相似性比對的一套分析工具。英文全稱是Basic?Local?Alignment?Search?Tool。NCBI作為生命科學(xué)研究領(lǐng)域使用最為廣泛的數(shù)據(jù)庫之一，深受廣大科研工作者青睞。輝駿生物給大家簡單介紹一下NCBI上的blast比對。

NCBI上的blast分為四種：Nucleotide BLAST：核酸比核酸；blastx：核酸比蛋白；blastn：蛋白比核酸；Protein BLAST：蛋白比蛋白。

在這里小編以Nucleotide BLAST的操作為例，演示一下如何進行序列比對。點擊上圖中“Nucleotide BLAST”，打開比對界面，粘貼或者上傳需要比對的序列，選擇數(shù)據(jù)庫、填入物種，調(diào)整各個參數(shù)（一般默認即可），點擊BLAST進行比對。需要注意的是，在參數(shù)調(diào)整時，E值是最重要的參數(shù)，可以根據(jù)情況進行適當(dāng)?shù)恼{(diào)整。

比對之后，就可以查看比對結(jié)果了。這里小編以小鼠為例，為大家簡單介紹一下比對結(jié)果。提交BLAST比對之后，稍等片刻（時間可長可短，與提交的序列有關(guān)），即可得到如下的比對結(jié)果頁面。

在查看比對結(jié)果時，E值以及Score值最重要，E值越小、Score值越大，則比對結(jié)果越可靠。

在Graphic summary界面下，每一條線段代表一個比對結(jié)果，鼠標(biāo)點擊會有相應(yīng)的比對信息。

在Alignments界面下，有每一個比對結(jié)果的多序列比對結(jié)果展示。點擊“Download”可以下載比對結(jié)果，也可以點擊“gene bank”了解比對結(jié)果的詳細信息。

Taxonomy界面主要告訴我們所比對的序列在分類學(xué)上是什么物種。

到這里，比對結(jié)果就展示完了。但是，如果您還不理解某些參數(shù)的具體含義，也不要緊。NCBI也有對BLAST的官方說明，具體可以參考“BLAST topics”，網(wǎng)址如下：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=BlastHelp#expect

總的來說，技巧雖小，但操作不易，每一步都有各種參數(shù)需要調(diào)整。在實際分析中要學(xué)會因地制宜、因時制宜，根據(jù)不同的情況選擇不同的參數(shù)，這樣才能得到最好的結(jié)果。每一個數(shù)據(jù)庫或者軟件都有說明文檔，在不知道如何操作時，要懂得尋求幫助，要有不怕出錯的耐心和毅力。

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