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客戶文章技術(shù)專題問題答疑
單細(xì)胞染色質(zhì)修飾分析

染色質(zhì)的修飾對于調(diào)節(jié)幾乎所有以 DNA 為模板的生物過程至關(guān)重要。  單細(xì)胞染色質(zhì)修飾譜可用于評估染色質(zhì)修飾,這可以提供表觀遺傳變化和生理變化之間的關(guān)系。

核的結(jié)構(gòu)。  細(xì)胞部分:核膜、核質(zhì)、核基質(zhì)、染色質(zhì)和核仁。  圖片來源:Designua / Shutterstock


染色質(zhì)修飾

染色質(zhì)修飾是通過共價組蛋白修飾和核小體修飾實現(xiàn)的。 組蛋白 乙酰化 、去乙?;⒓谆土姿峄枪矁r組蛋白修飾的形式,由組蛋白乙酰轉(zhuǎn)移酶 (HAT)、組蛋白去乙?;?(HDAC)、組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶 (HNMT) 和激酶等酶進(jìn)行。 由 DNA 甲基轉(zhuǎn)移酶 (DNMT) 進(jìn)行的 DNA 甲基化和由激酶進(jìn)行的 DNA 磷酸化是核小體修飾的形式。 染色質(zhì)重塑對于調(diào)節(jié)基因表達(dá)和其他調(diào)節(jié)過程很重要,例如卵細(xì)胞 DNA 復(fù)制和修復(fù)、細(xì)胞凋亡和染色體分離。


染色質(zhì)修飾分析的類型

染色體免疫沉淀測序

染色體免疫沉淀測序 (ChIP-seq) 可以分析蛋白質(zhì)與 DNA 的相互作用,并提供有關(guān)表觀遺傳變化的信息。  ChIP-seq實驗服務(wù)涉及將蛋白質(zhì)與 DNA 交聯(lián),然后通過超聲處理進(jìn)行 DNA 片段化。  然后添加珠連接抗體以免疫沉淀靶蛋白。


染色質(zhì)免疫沉淀定量PCR分析

染色質(zhì)免疫沉淀定量 PCR 分析 (ChIP-qPCR) 可用于評估已知基因組結(jié)合位點的蛋白質(zhì)-DNA 相互作用。  當(dāng)位點未知時,可以針對潛在的調(diào)控區(qū)域(例如啟動子)設(shè)計 qPCR 引物。   ChIP-qPCR 具有與標(biāo)準(zhǔn) ChIP-qPCR 非常相似的程序,但在 ChIP-qPCR 實驗結(jié)束時,得到的 DNA 會進(jìn)行 qPCR,然后進(jìn)行分析。



輝駿生物提供的ChIP染色質(zhì)免疫共沉淀服務(wù)分為以下兩種:


1. ChIP qPCR實驗,用于檢測某樣本中的誘餌蛋白和待測DNA片段是否結(jié)合;

2. ChIP seq實驗,用于篩選某樣本中的誘餌蛋白可以結(jié)合哪些DNA區(qū)域。


ChIP(染色質(zhì)免疫共沉淀)檢測服務(wù)
服務(wù)項目
服務(wù)內(nèi)容結(jié)果交付實驗周期客戶提價格
ChIP qPCR
Western blot檢測樣本(input)中的誘餌蛋白Western blot檢測圖5-6周

實驗樣本

誘餌蛋白的IP級抗體

實驗信息表(樣本信息,誘餌蛋白及待測DNA序列)



點擊詢價



ChIP調(diào)取誘餌蛋白及其結(jié)合的DNA片段

(2組:實驗組和對照組)
ChIP實驗報告
Western blot檢測ChIP產(chǎn)物中的誘餌蛋白Western blot檢測圖
qPCR檢測ChIP產(chǎn)物中的待測DNA片段
qPCR檢測數(shù)據(jù)
ChIP seqWestern blot檢測樣本(input)中的誘餌蛋白Western blot檢測圖5-6周

實驗樣本

誘餌蛋白的IP級抗體

實驗信息表(樣本信息,誘餌蛋白序列)



點擊詢價



ChIP調(diào)取誘餌蛋白及其結(jié)合的DNA片段

(2組:實驗組和對照組)
ChIP實驗報告
Western blot檢測ChIP產(chǎn)物中的誘餌蛋白Western blot檢測圖
seq檢測ChIP產(chǎn)物中的DNA片段并分析
seq檢測結(jié)果、檢測和分析報告9周



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ChIP服務(wù)優(yōu)勢*輝駿生物


1

近十年服務(wù)經(jīng)驗,服務(wù)案例眾多,客戶發(fā)文Nature Cell Biology等高質(zhì)量期刊

2

可對圍繞DNA結(jié)合蛋白開展的整體課題提供全方位方案建議

3

自有分子及細(xì)胞生物實驗平臺,能有效制定并執(zhí)行最優(yōu)的實驗路線

4

售后技術(shù)支持將一直保持到客戶發(fā)表文章,確??蛻舭残倪M(jìn)行下游實驗及投稿



質(zhì)譜

質(zhì)譜流式細(xì)胞儀結(jié)合了流式細(xì)胞儀和質(zhì)譜儀,用于辨別細(xì)胞的特性。  抗體與純元素結(jié)合,用于標(biāo)記細(xì)胞蛋白。  然后將細(xì)胞霧化并通過氬等離子體將抗體電離。  產(chǎn)生的金屬信號由質(zhì)譜儀分析。  該方法用于分析染色質(zhì)修飾。


LC-MS/MS蛋白質(zhì)譜鑒定應(yīng)用范圍


★IP,Co-IPPull-down類蛋白相互作用樣本(膠條或溶液)的鑒定;

★細(xì)胞器,外泌體等簡單樣本中的所有表達(dá)蛋白質(zhì)的鑒定(全譜分析)。



LC-MS/MS質(zhì)譜鑒定服務(wù)信息-輝駿生物


項目名稱

客戶提供

結(jié)果交付

實驗周期

價格

LC-MS/MS蛋白鑒定

蛋白溶液(干冰運輸)

蛋白膠條/膠點(冰袋運輸)

廣州地區(qū)可上門取樣

樣本信息表

蛋白及肽段鑒定結(jié)果表

質(zhì)譜檢索網(wǎng)頁

指定肽段的質(zhì)譜圖

質(zhì)譜原始數(shù)據(jù)

實驗報告

2周

點擊詢價












使用染色質(zhì)修飾 Pprofiling 進(jìn)行的發(fā)現(xiàn)

老化

最近,隨著年齡的增長,觀察到表觀遺傳變異的數(shù)量增加。   多重質(zhì)譜流式分析用于在單細(xì)胞水平上分析原代人類免疫細(xì)胞中染色質(zhì)修飾的水平。   對年輕人和老年人進(jìn)行了差異分析,結(jié)果表明,衰老表明個體之間的異質(zhì)性增加,染色質(zhì)修飾的細(xì)胞間變異性增加。  這些發(fā)現(xiàn)顯示了年齡對染色質(zhì)修飾的影響。


乳腺癌

在乳腺癌模型的惡性轉(zhuǎn)化過程中發(fā)現(xiàn)了表觀遺傳變化。通過在乳腺上皮細(xì)胞中表達(dá)三種癌基因來制作乳腺癌模型。  進(jìn)行了 ChIP 分析,然后進(jìn)行了組蛋白甲基化的下一代測序。   使用蛋白質(zhì)印跡、定量逆轉(zhuǎn)錄酶 PCR (qRT-PCR) 和免疫染色來確定基因表達(dá)。   該研究發(fā)現(xiàn),在乳腺癌模型中,參與抑制某些癌基因的兩個組蛋白標(biāo)記減少了。


免疫抑制

SUMOylation 是一種轉(zhuǎn)錄后修飾,涉及各種細(xì)胞過程,例如轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)、細(xì)胞凋亡、蛋白質(zhì)穩(wěn)定性和細(xì)胞周期進(jìn)程。  人類有 3 種 SUMO 蛋白(SUMO-1 和 SUMO-2/3)。  一項研究發(fā)現(xiàn),皰疹病毒(卡波西肉瘤相關(guān)皰疹病毒 (KSHV))已經(jīng)進(jìn)化出直接和間接調(diào)節(jié) SUMO 機制以避免宿主免疫系統(tǒng)的機制。  進(jìn)行的 ChIP-seq 實驗發(fā)現(xiàn) KSHV 重新激活后 SUMO-2/3 顯著增加。   基因本體分析發(fā)現(xiàn)了參與細(xì)胞免疫反應(yīng)和細(xì)胞因子信號傳導(dǎo)的基因。  KSHV 通過增加 SUMO-2/3 的轉(zhuǎn)錄以阻礙免疫反應(yīng)來避免免疫系統(tǒng)。


結(jié)論

染色質(zhì)修飾的分析使我們能夠更好地了解某些生物過程和疾病。  進(jìn)一步的研究將提供更多關(guān)于有益染色質(zhì)變化的知識。


輝駿實驗外包服務(wù).jpg



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