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一級質(zhì)譜的鑒定方法又常稱為肽指紋圖譜鑒定（peptide-mass mapping，PMF），二級質(zhì)譜的鑒定方法又常稱為串聯(lián)質(zhì)譜鑒定。早期蛋白鑒定，因為考慮鑒定成本的問題，一般做測序生物的蛋白鑒定可以選擇一級質(zhì)譜，而非測序生物常選擇二級質(zhì)譜?，F(xiàn)在，二級質(zhì)譜的價格也大大降低，和一級質(zhì)譜并無太大差異，而且可靠性和鑒定成功率都大大提高，本公司一般都推薦客戶（不管是研究測序生物還是非測序生物）直接做串聯(lián)質(zhì)譜，而不考慮進行肽指紋圖譜鑒定。