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1. iTRAQ是一級質(zhì)譜定性，二級質(zhì)譜定量，實際操作中，一級質(zhì)譜中m/z相近的一些母離子，而不是嚴格的同一m/z的母離子，被篩選進入質(zhì)量分析器2進行二級質(zhì)譜鑒定，定量的肽段與定性的肽段不是一一對應(yīng)的關(guān)系，故造成iTRAQ定量誤差大。然而，SILAC是一級質(zhì)譜定量，二級質(zhì)譜定性，定量的肽段就是對應(yīng)的定性的肽段，定量更加精確。

2. iTRAQ在母離子進入質(zhì)量分析器2前要進行母離子破碎，但是母離子破碎的比率達不到100%，造成報告離子的峰強偏低，定量存在誤差。