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磷酸化蛋白質(zhì)組分析揭示了腫瘤中免疫細(xì)胞的復(fù)雜相互作用

發(fā)布時(shí)間：2024-02-20 14:28:41作者：輝駿生物-fitgene

來(lái)自西奈山伊坎醫(yī)學(xué)院的研究人員與美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院臨床蛋白質(zhì)組腫瘤分析聯(lián)盟，德克薩斯大學(xué)醫(yī)學(xué)博士安德森癌癥中心，邁阿密大學(xué)米勒醫(yī)學(xué)院的西爾維斯特綜合癌癥中心等合作，揭示了對(duì)癌癥免疫反應(yīng)的詳細(xì)了解，標(biāo)志著該領(lǐng)域的重大發(fā)展。研究結(jié)果發(fā)表在2月14日的Cell在線雜志上。

該研究利用了10種不同癌癥的1,000多個(gè)腫瘤的數(shù)據(jù)，首次整合了DNA、RNA和蛋白質(zhì)組學(xué)（蛋白質(zhì)研究），揭示了腫瘤中免疫細(xì)胞的復(fù)雜相互作用。這些數(shù)據(jù)來(lái)自臨床蛋白質(zhì)組腫瘤分析聯(lián)盟（CPTAC），這是美國(guó)國(guó)家癌癥研究所的一個(gè)項(xiàng)目。

每種類型的免疫反應(yīng)都與基因功能的變化有關(guān)，例如基因如何被修飾，它們發(fā)出的信息以及它們產(chǎn)生的蛋白質(zhì)。通過(guò)提供癌癥免疫反應(yīng)的全面分子指紋，這項(xiàng)研究有望促進(jìn)未來(lái)免疫治療策略的發(fā)展。

一個(gè)關(guān)鍵的發(fā)現(xiàn)是，在通過(guò)先進(jìn)的統(tǒng)計(jì)模型確定的七種亞型中，有五種包括來(lái)自十種不同類型癌癥的腫瘤，這表明這些腫瘤之間存在共同的免疫反應(yīng)。當(dāng)我們?cè)谕幻庖呓M內(nèi)的各種癌癥中看到共同的免疫反應(yīng)和細(xì)胞行為方式的相似模式時(shí)，它暗示某些增強(qiáng)免疫系統(tǒng)的治療方法可以很好地用于許多類型的癌癥。

這項(xiàng)研究的一個(gè)新方面源于1,000多個(gè)腫瘤產(chǎn)生的深度磷酸蛋白組學(xué)數(shù)據(jù)。這些數(shù)據(jù)使研究人員能夠了解蛋白質(zhì)是如何被修飾的?！巴ㄟ^(guò)對(duì)1,000多種泛癌腫瘤的磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)分析，科研人員能夠通過(guò)計(jì)算發(fā)現(xiàn)一系列關(guān)鍵的新型藥物靶點(diǎn)。通過(guò)用小分子或其他手段靶向選定的激酶，可能將對(duì)免疫療法沒(méi)有反應(yīng)的腫瘤轉(zhuǎn)化為具有更好免疫療法反應(yīng)的腫瘤。

作為研究的一部分，應(yīng)用于數(shù)字病理學(xué)圖像的機(jī)器學(xué)習(xí)工具也證明了不同類型的免疫反應(yīng)與某些免疫細(xì)胞的存在之間的相關(guān)性，從而增強(qiáng)了對(duì)腫瘤內(nèi)部和周圍環(huán)境的理解。

接下來(lái)，研究人員計(jì)劃進(jìn)一步驗(yàn)證他們的發(fā)現(xiàn)，并利用正在進(jìn)行的免疫治療臨床研究的見(jiàn)解。這項(xiàng)工作旨在簡(jiǎn)化治療反應(yīng)的生物標(biāo)志物小組的開發(fā)，并確定增強(qiáng)的治療策略。

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